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Structure paper

タイトルStructural Insight Into the SKP1-CUL1-FBXO3-RBX1 Complex.
ジャーナル・号・ページProteins, Vol. 93, Issue 7, Page 1290-1294, Year 2025
掲載日2025年2月8日
著者Jiajia Wei / Chao Xu /
PubMed 要旨The cryo-EM structure of human SCF, which consists of CUL1, RBX1, SKP1 and FBXO3 was solved at a nominal resolution of 3.70 Å. Although a previous study reported the crystal structure of the FBXO3 ...The cryo-EM structure of human SCF, which consists of CUL1, RBX1, SKP1 and FBXO3 was solved at a nominal resolution of 3.70 Å. Although a previous study reported the crystal structure of the FBXO3 ApaG domain, how FBXO3 is incorporated into the SCF complex remains elusive. In the cryo-EM structure of SCF, the F-box domain of FBXO3 primarily associates with SKP1 via extensive hydrophobic interactions and interacts with the N-terminal region of CUL1 via hydrophobic interactions. The weak cryo-EM map of the RBX1 globular region is close to the FBXO3 ApaG domain, suggesting that unmodified SCF exhibits a closed conformation and that CUL1 neddylation is likely required to achieve high E3 activity. The structural study provides insight into the assembly of SCF and its activation mediated by CUL1 neddylation.
リンクProteins / PubMed:39921442
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 3.74 Å
構造データ

62222

9kbd

EMDB-62222, PDB-9kbd:
Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO3 SCF ubiquition ligase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

62223

9kbf

EMDB-62223, PDB-9kbf:
Cryo-EM structure of the SKP1-FBXO3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / ubiquitination E3 ligase / Cryo-EM / PROTEIN BINDING

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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