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Structure paper

タイトルExploration of the hierarchical assembly space of collagen-like peptides beyond the triple helix.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10385, Year 2024
掲載日2024年11月29日
著者Le Tracy Yu / Mark A B Kreutzberger / Thi H Bui / Maria C Hancu / Adam C Farsheed / Edward H Egelman / Jeffrey D Hartgerink /
PubMed 要旨The de novo design of self-assembling peptides has garnered significant attention in scientific research. While alpha-helical assemblies have been extensively studied, exploration of polyproline type ...The de novo design of self-assembling peptides has garnered significant attention in scientific research. While alpha-helical assemblies have been extensively studied, exploration of polyproline type II helices, such as those found in collagen, remains relatively limited. In this study, we focus on understanding the sequence-structure relationship in hierarchical assemblies of collagen-like peptides, using defense collagen Surfactant Protein A as a model. By dissecting the sequence derived from Surfactant Protein A and synthesizing short collagen-like peptides, we successfully construct a discrete bundle of hollow triple helices. Amino acid substitution studies pinpoint hydrophobic and charged residues that are critical for oligomer formation. These insights guide the de novo design of collagen-like peptides, resulting in the formation of diverse quaternary structures, including discrete and heterogenous bundled oligomers, two-dimensional nanosheets, and pH-responsive nanoribbons. Our study represents a significant advancement in the understanding and harnessing of collagen higher-order assemblies beyond the triple helix.
リンクNat Commun / PubMed:39613762 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.0 - 10.2 Å
構造データ

EMDB-44405: Low-resolution cryo-EM structure of the DES-1 collagen-like peptide doublet assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-44406: Cryo-EM structure of the DES-1 collagen-like peptide octadecameric assembly with C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-44409: Cryo-EM structure of the pentadecameric DES-1 collagen-like assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-44418: Cryo-EM structure of the SPA-human octadecameric collagen-like assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • unidentified (未定義)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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