[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structures of Candida albicans Cdr1 reveal azole-substrate recognition and inhibitor blocking mechanisms.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7722, Year 2024
掲載日2024年9月6日
著者Ying Peng / Yan Lu / Hui Sun / Jinying Ma / Xiaomei Li / Xiaodan Han / Zhixiong Fang / Junming Tan / Yingchen Qiu / Tingting Qu / Meng Yin / Zhaofeng Yan /
PubMed 要旨In Candida albicans, Cdr1 pumps azole drugs out of the cells to reduce intracellular accumulation at detrimental concentrations, leading to azole-drug resistance. Milbemycin oxime, a veterinary anti- ...In Candida albicans, Cdr1 pumps azole drugs out of the cells to reduce intracellular accumulation at detrimental concentrations, leading to azole-drug resistance. Milbemycin oxime, a veterinary anti-parasitic drug, strongly and specifically inhibits Cdr1. However, how Cdr1 recognizes and exports azole drugs, and how milbemycin oxime inhibits Cdr1 remain unclear. Here, we report three cryo-EM structures of Cdr1 in distinct states: the apo state (Cdr1), fluconazole-bound state (Cdr1), and milbemycin oxime-inhibited state (Cdr1). Both the fluconazole substrate and the milbemycin oxime inhibitor are primarily recognized within the central cavity of Cdr1 through hydrophobic interactions. The fluconazole is suggested to be exported from the binding site into the environment through a lateral pathway driven by TM2, TM5, TM8 and TM11. Our findings uncover the inhibitory mechanism of milbemycin oxime, which inhibits Cdr1 through competition, hindering export, and obstructing substrate entry. These discoveries advance our understanding of Cdr1-mediated azole resistance in C. albicans and provide the foundation for the development of innovative antifungal drugs targeting Cdr1 to combat azole-drug resistance.
リンクNat Commun / PubMed:39242571 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.08 - 3.38 Å
構造データ

60908

9iuk

EMDB-60908, PDB-9iuk:
The structure of Candida albicans Cdr1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

60909

9iul

EMDB-60909, PDB-9iul:
The structure of Candida albicans Cdr1 in fluconazole-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

60910

9ium

EMDB-60910, PDB-9ium:
The structure of Candida albicans Cdr1 in milbemycin oxime-inhibited state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

化合物

PDB-1l26:
REPLACEMENTS OF PRO86 IN PHAGE T4 LYSOZYME EXTEND AN ALPHA-HELIX BUT DO NOT ALTER PROTEIN STABILITY

ChemComp-TPF:
2-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-1,3-DI(1H-1,2,4-TRIAZOL-1-YL)PROPAN-2-OL / 薬剤, 抗真菌剤*YM

PDB-1l27:
REPLACEMENTS OF PRO86 IN PHAGE T4 LYSOZYME EXTEND AN ALPHA-HELIX BUT DO NOT ALTER PROTEIN STABILITY

由来
  • candida albicans sc5314 (酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporters / Pleiotropic drug resistance / Membrane protein

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る