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Structure paper

タイトルActivation mechanisms of dimeric mechanosensitive OSCA/TMEM63 channels.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7504, Year 2024
掲載日2024年8月29日
著者Yuanyue Shan / Mengmeng Zhang / Meiyu Chen / Xinyi Guo / Ying Li / Mingfeng Zhang / Duanqing Pei /
PubMed 要旨OSCA/TMEM63 channels, which have transporter-like architectures, are bona fide mechanosensitive (MS) ion channels that sense high-threshold mechanical forces in eukaryotic cells. The activation ...OSCA/TMEM63 channels, which have transporter-like architectures, are bona fide mechanosensitive (MS) ion channels that sense high-threshold mechanical forces in eukaryotic cells. The activation mechanism of these transporter-like channels is not fully understood. Here we report cryo-EM structures of a dimeric OSCA/TMEM63 pore mutant OSCA1.1-F516A with a sequentially extracellular dilated pore in a detergent environment. These structures suggest that the extracellular pore sequential dilation resembles a flower blooming and couples to a sequential contraction of each monomer subunit towards the dimer interface and subsequent extrusion of the dimer interface lipids. Interestingly, while OSCA1.1-F516A remains non-conducting in the native lipid environment, it can be directly activated by lyso-phosphatidylcholine (Lyso-PC) with reduced single-channel conductance. Structural analysis of OSCA1.1-F516A in lyso-PC-free and lyso-PC-containing lipid nanodiscs indicates that lyso-PC induces intracellular pore dilation by attracting the M6b to upward movement away from the intracellular side thus extending the intracellular pore. Further functional studies indicate that full activation of MS OSCA/TMEM63 dimeric channels by high-threshold mechanical force also involves the opening of both intercellular and extracellular pores. Our results provide the fundamental activation paradigm of the unique transporter-like MS OSCA/TMEM63 channels, which is likely applicable to functional branches of the TMEM63/TMEM16/TMC superfamilies.
リンクNat Commun / PubMed:39209849 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 2.8 Å
構造データ

39399

8ymm

EMDB-39399, PDB-8ymm:
OSCA1.1-F516A open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

39400

8ymn

EMDB-39400, PDB-8ymn:
OSCA1.1-F516A pre-open 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

39401

8ymo

EMDB-39401, PDB-8ymo:
OSCA1.1-F516A pre-open 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

39402

8ymp

EMDB-39402, PDB-8ymp:
OSCA1.1-F516A nanodisc in LPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

39403

8ymq

EMDB-39403, PDB-8ymq:
OSCA1.1-F516A nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OSCA1.1-F516A open / OSCA1.1-F516A pre-open 2 / OSCA1.1-F516A pre-open 1 / OSCA1.1-F516A nanodisc in LPC / OSCA1.1-F516A nanodisc

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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