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Structure paper

タイトルStructural basis of TRPV1 inhibition by SAF312 and cholesterol.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6689, Year 2024
掲載日2024年8月6日
著者Junping Fan / Han Ke / Jing Lei / Jin Wang / Makoto Tominaga / Xiaoguang Lei /
PubMed 要旨Transient Receptor Potential Vanilloid 1 (TRPV1) plays a central role in pain sensation and is thus an attractive pharmacological drug target. SAF312 is a potent, selective, and non-competitive ...Transient Receptor Potential Vanilloid 1 (TRPV1) plays a central role in pain sensation and is thus an attractive pharmacological drug target. SAF312 is a potent, selective, and non-competitive antagonist of TRPV1 and shows promising potential in treating ocular surface pain. However, the precise mechanism by which SAF312 inhibits TRPV1 remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of human TRPV1 in complex with SAF312, elucidating the structural foundation of its antagonistic effects on TRPV1. SAF312 binds to the vanilloid binding pocket, preventing conformational changes in S4 and S5 helices, which are essential for channel gating. Unexpectedly, a putative cholesterol was found to contribute to SAF312's inhibition. Complemented by mutagenesis experiments and molecular dynamics simulations, our research offers substantial mechanistic insights into the regulation of TRPV1 by SAF312, highlighting the interplay between the antagonist and cholesterol in modulating TRPV1 function. This work not only expands our understanding of TRPV1 inhibition by SAF312 but also lays the groundwork for further developments in the design and optimization of TRPV1-related therapies.
リンクNat Commun / PubMed:39107321 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.55 - 2.75 Å
構造データ

36577

8jqr

EMDB-36577, PDB-8jqr:
Structure of human TRPV1 in complex with antagonist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

38161

8x94

EMDB-38161, PDB-8x94:
Structure of human TRPV1 in complex with antagonist --protein purified without CHS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

化合物


化合物 画像なし

ChemComp-EZI:
Unknown entry

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • pseudotevenvirus rb43 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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