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タイトルCryo-EM structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase DXPS from Plasmodium falciparum reveals a distinct N-terminal domain.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6642, Year 2024
掲載日2024年8月5日
著者Victor O Gawriljuk / Andre S Godoy / Rick Oerlemans / Luise A T Welker / Anna K H Hirsch / Matthew R Groves /
PubMed 要旨Plasmodium falciparum is the main causative agent of malaria, a deadly disease that mainly affects children under five years old. Artemisinin-based combination therapies have been pivotal in ...Plasmodium falciparum is the main causative agent of malaria, a deadly disease that mainly affects children under five years old. Artemisinin-based combination therapies have been pivotal in controlling the disease, but resistance has arisen in various regions, increasing the risk of treatment failure. The non-mevalonate pathway is essential for the isoprenoid synthesis in Plasmodium and provides several under-explored targets to be used in the discovery of new antimalarials. 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXPS) is the first and rate-limiting enzyme of the pathway. Despite its importance, there are no structures available for any Plasmodium spp., due to the complex sequence which contains large regions of high disorder, making crystallisation a difficult task. In this manuscript, we use cryo-electron microscopy to solve the P. falciparum DXPS structure at a final resolution of 2.42 Å. Overall, the structure resembles other DXPS enzymes but includes a distinct N-terminal domain exclusive to the Plasmodium genus. Mutational studies show that destabilization of the cap domain interface negatively impacts protein stability and activity. Additionally, a density for the co-factor thiamine diphosphate is found in the active site. Our work highlights the potential of cryo-EM to obtain structures of P. falciparum proteins that are unfeasible by means of crystallography.
リンクNat Commun / PubMed:39103329 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.42 Å
構造データ

18842

8r2h

EMDB-18842, PDB-8r2h:
Cryo-EM structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Plasmodium falciparum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)

由来
  • plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
キーワードTRANSFERASE / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase / thiamin di-phosphate complex / transketolase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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