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タイトルCryoET of β-amyloid and tau within postmortem Alzheimer's disease brain.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年7月10日
著者Madeleine A G Gilbert / Nayab Fatima / Joshua Jenkins / Thomas J O'Sullivan / Andreas Schertel / Yehuda Halfon / Martin Wilkinson / Tjado H J Morrema / Mirjam Geibel / Randy J Read / Neil A Ranson / Sheena E Radford / Jeroen J M Hoozemans / René A W Frank /
PubMed 要旨A defining pathological feature of most neurodegenerative diseases is the assembly of proteins into amyloid that form disease-specific structures. In Alzheimer's disease, this is characterized by the ...A defining pathological feature of most neurodegenerative diseases is the assembly of proteins into amyloid that form disease-specific structures. In Alzheimer's disease, this is characterized by the deposition of β-amyloid and tau with disease-specific conformations. The in situ structure of amyloid in the human brain is unknown. Here, using cryo-fluorescence microscopy-targeted cryo-sectioning, cryo-focused ion beam-scanning electron microscopy lift-out and cryo-electron tomography, we determined in-tissue architectures of β-amyloid and tau pathology in a postmortem Alzheimer's disease donor brain. β-amyloid plaques contained a mixture of fibrils, some of which were branched, and protofilaments, arranged in parallel arrays and lattice-like structures. Extracellular vesicles and cuboidal particles defined the non-amyloid constituents of β-amyloid plaques. By contrast, tau inclusions formed parallel clusters of unbranched filaments. Subtomogram averaging a cluster of 136 tau filaments in a single tomogram revealed the polypeptide backbone conformation and filament polarity orientation of paired helical filaments within tissue. Filaments within most clusters were similar to each other, but were different between clusters, showing amyloid heterogeneity that is spatially organized by subcellular location. The in situ structural approaches outlined here for human donor tissues have applications to a broad range of neurodegenerative diseases.
リンクNature / PubMed:38987603
手法EM (らせん対称) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.0 - 33.0 Å
構造データ

EMDB-18990: CryoEM map of tau PHF sarkosyl-extracted from a human AD patient (associated with in situ tomography)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-50148: Tau PHF subtomogram average relating to CS1 extended data Figure 9A
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.64 Å

EMDB-50152: Tau PHF subtomogram average relating to CS2 Figure 3i-j.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-50153: Tau PHF subtomogram average relating to CS3 extended data Figure 9c
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.04 Å

EMDB-50155: Tau PHF subtomogram average relating to CS4 extended data Figure 9d
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.56 Å

EMDB-50156: Tau PHF subtomogram average relating to CS5 extended data Figure 9b
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.77 Å

EMDB-50157: Tau PHF subtomogram average relating to CS6 extended data Figure 9e
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-50159: Tau PHF subtomogram average relating to CS7 extended data Figure 9f
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-50160: Tau PHF subtomogram average relating to LOL1_PHF Figure 4g-h
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.4 Å

EMDB-50161: Tau SF subtomogram average relating to LOL1_SF Figure 4g-h
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-50162: Tau SF subtomogram average relating to LOL2_SF Figure 4i-j
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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