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タイトルDiverse roles of the metal binding domains and transport mechanism of copper transporting P-type ATPases.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2690, Year 2024
掲載日2024年3月27日
著者Zongxin Guo / Fredrik Orädd / Viktoria Bågenholm / Christina Grønberg / Jian Feng Ma / Peter Ott / Yong Wang / Magnus Andersson / Per Amstrup Pedersen / Kaituo Wang / Pontus Gourdon /
PubMed 要旨Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the ...Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the intrinsic metal binding domains (MBDs) is enigmatic. Here, four cryo-EM structures and molecular dynamics simulations of a P-ATPase are combined to reveal that in many eukaryotes the MBD immediately prior to the ATPase core, MBD, serves a structural role, remodeling the ion-uptake region. In contrast, the MBD prior to MBD, MBD, likely assists in copper delivery to the ATPase core. Invariant Tyr, Asn and Ser residues in the transmembrane domain assist in positioning sulfur-providing copper-binding amino acids, allowing for copper uptake, binding and release. As such, our findings unify previously conflicting data on the transport and regulation of P-ATPases. The results are critical for a fundamental understanding of cellular copper homeostasis and for comprehension of the molecular bases of P-disorders and ongoing clinical trials.
リンクNat Commun / PubMed:38538615 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.68 Å
構造データ

18202

8q73

EMDB-18202, PDB-8q73:
Copper-transporting ATPase HMA4 in E1 state apo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

18203

8q74

EMDB-18203, PDB-8q74:
Copper-transporting ATPase HMA4 in E1 state with Cu
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

18204

8q75

EMDB-18204, PDB-8q75:
Copper-transporting ATPase HMA4 in E2P state with AlF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

18205

8q76

EMDB-18205, PDB-8q76:
Copper-transporting ATPase HMA4 in E2P state with BeF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • oryza sativa japonica group (イネ)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P-ATPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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