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タイトルFunctionalized graphene-oxide grids enable high-resolution cryo-EM structures of the SNF2h-nucleosome complex without crosslinking.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2225, Year 2024
掲載日2024年3月12日
著者Un Seng Chio / Eugene Palovcak / Anton A A Smith / Henriette Autzen / Elise N Muñoz / Zanlin Yu / Feng Wang / David A Agard / Jean-Paul Armache / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng /
PubMed 要旨Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the ...Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the air-water interface (AWI). Here, to address this issue, we develop graphene-oxide-coated EM grids functionalized with either single-stranded DNA (ssDNA) or thiol-poly(acrylic acid-co-styrene) (TAASTY) co-polymer. These grids protect complexes between the chromatin remodeler SNF2h and nucleosomes from the AWI and facilitate collection of high-quality micrographs of intact SNF2h-nucleosome complexes in the absence of crosslinking. The data yields maps ranging from 2.3 to 3 Å in resolution. 3D variability analysis reveals nucleotide-state linked conformational changes in SNF2h bound to a nucleosome. In addition, the analysis provides structural evidence for asymmetric coordination between two SNF2h protomers acting on the same nucleosome. We envision these grids will enable similar detailed structural analyses for other enzyme-nucleosome complexes and possibly other protein-nucleic acid complexes in general.
リンクNat Commun / PubMed:38472177 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.2 Å
構造データ

42977

8v4y

EMDB-42977, PDB-8v4y:
Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-43000: Cryo-EM structure of SNF2h-nucleosome complex (consensus structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-43001: Cryo-EM structure of SNF2h-nucleosome complex (single-bound structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

43002

8v6v

EMDB-43002, PDB-8v6v:
Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

43003

8v7l

EMDB-43003, PDB-8v7l:
Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-43004: Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex (conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-43005: Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin remodeler / ISWI / SNF2h / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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