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Structure paper

タイトルDissection of the structure-function relationship of Na channels.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 121, Issue 9, Page e2322899121, Year 2024
掲載日2024年2月27日
著者Zhangqiang Li / Qiurong Wu / Gaoxingyu Huang / Xueqin Jin / Jiaao Li / Xiaojing Pan / Nieng Yan /
PubMed 要旨Voltage-gated sodium channels (Na) undergo conformational shifts in response to membrane potential changes, a mechanism known as the electromechanical coupling. To delineate the structure-function ...Voltage-gated sodium channels (Na) undergo conformational shifts in response to membrane potential changes, a mechanism known as the electromechanical coupling. To delineate the structure-function relationship of human Na channels, we have performed systematic structural analysis using human Na1.7 as a prototype. Guided by the structural differences between wild-type (WT) Na1.7 and an eleven mutation-containing variant, designated Na1.7-M11, we generated three additional intermediate mutants and solved their structures at overall resolutions of 2.9-3.4 Å. The mutant with nine-point mutations in the pore domain (PD), named Na1.7-M9, has a reduced cavity volume and a sealed gate, with all voltage-sensing domains (VSDs) remaining up. Structural comparison of WT and Na1.7-M9 pinpoints two residues that may be critical to the tightening of the PD. However, the variant containing these two mutations, Na1.7-M2, or even in combination with two additional mutations in the VSDs, named Na1.7-M4, failed to tighten the PD. Our structural analysis reveals a tendency of PD contraction correlated with the right shift of the static inactivation I-V curves. We predict that the channel in the resting state should have a "tight" PD with down VSDs.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:38381792 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.39 Å
構造データ

38482

8xmm

EMDB-38482, PDB-8xmm:
Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

38483

8xmn

EMDB-38483, PDB-8xmn:
Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

38484

8xmo

EMDB-38484, PDB-8xmo:
Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

ChemComp-1PW:
(2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / C2-セラミド1-ホスファ-ト

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated sodium channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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