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Structure paper

タイトルLipid nanodisc scaffold and size alter the structure of a pentameric ligand-gated ion channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 25, Year 2024
掲載日2024年1月2日
著者Vikram Dalal / Mark J Arcario / John T Petroff / Brandon K Tan / Noah M Dietzen / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Grace Brannigan / Wayland W L Cheng /
PubMed 要旨Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ...Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC), in different nanodiscs produces distinct structures by cryo-EM. The effect of the nanodisc on ELIC structure extends to the extracellular domain and agonist binding site. Additionally, molecular dynamic simulations indicate that nanodiscs of different size impact ELIC structure and that the nanodisc scaffold directly interacts with ELIC. These findings suggest that the nanodisc plays a crucial role in determining the structure of pLGICs, and that reconstitution of ion channels in larger nanodiscs may better approximate a lipid membrane environment.
リンクNat Commun / PubMed:38167383 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.12 - 3.71 Å
構造データ

28829

8f32

EMDB-28829, PDB-8f32:
ELIC with Propylamine in SMA nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

28830

8f33

EMDB-28830, PDB-8f33:
ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

28831

8f34

EMDB-28831, PDB-8f34:
ELIC with Propylamine in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

28832

8f35

EMDB-28832, PDB-8f35:
Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

41672

8twv

EMDB-41672, PDB-8twv:
ELIC5 with Propylamine in spNW15 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

41673

8twz

EMDB-41673, PDB-8twz:
ELIC with Propylamine in spNW15 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

化合物

ChemComp-3CN:
3-AMINOPROPANE / プロピルアミン

由来
  • dickeya dadantii (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ELIC / ion channel / pLGIC / Structural Protein / Membrane Protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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