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Structure paper

タイトルStructural and functional investigations of syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa.
ジャーナル・号・ページCommun Chem, Vol. 6, Issue 1, Page 240, Year 2023
掲載日2023年11月6日
著者Xiaoli Ma / Haifeng Xu / Yuru Tong / Yunfeng Luo / Qinghua Dong / Tao Jiang /
PubMed 要旨The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic ...The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic decalin core, the copalyl diphosphates (CPPs). Three stereochemically distinct CPPs have been found in plants, namely (+)-CPP, ent-CPP and syn-CPP. Here, we used X-ray crystallography and cryo-EM methods to describe different oligomeric structures of a syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa (OsCyc1), and provided a cryo-EM structure of OsCyc1 mutant in complex with the substrate GGPP. Further analysis showed that tetramers are the dominant form of OsCyc1 in solution and are not necessary for enzyme activity in vitro. Through rational design, we identified an OsCyc1 mutant that can generate ent-CPP in addition to syn-CPP. Our work provides a structural and mechanistic basis for comparing different CPSs and paves the way for further enzyme design to obtain diterpene derivatives with specific chirality.
リンクCommun Chem / PubMed:37932442 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.49 - 7.9 Å
構造データ

35202

8i6p

EMDB-35202, PDB-8i6p:
The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

35206

8i6t

EMDB-35206, PDB-8i6t:
The cryo-EM structure of OsCyc1 hexamer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

35207

8i6u

EMDB-35207, PDB-8i6u:
The cryo-EM structure of OsCyc1 dimer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

35440

8ih5

EMDB-35440, PDB-8ih5:
The cryo-EM structure of OsCyc1 that complexed with GGPP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

PDB-8kbw:
The crystal structure of syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.49 Å

化合物

ChemComp-GRG:
GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸

由来
  • oryza sativa japonica group (イネ)
キーワードISOMERASE / syn-copalyl diphosphate synthase / labdane-related diterpenoids / oligomer cryo-EM structure / plant defense / PLANT PROTEIN / hexamer cryo-EM structure / dimer cryo-EM structure / labdane-related diterpenoid / GGPP complexed cryo-EM structure / apo-state crystal structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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