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Structure paper

タイトルEfficient tagging of endogenous proteins in human cell lines for structural studies by single-particle cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 31, Page e2302471120, Year 2023
掲載日2023年7月24日
著者Wooyoung Choi / Hao Wu / Klaus Yserentant / Bo Huang / Yifan Cheng /
PubMed 要旨CRISPR/Cas9-based genome engineering has revolutionized our ability to manipulate biological systems, particularly in higher organisms. Here, we designed a set of homology-directed repair donor ...CRISPR/Cas9-based genome engineering has revolutionized our ability to manipulate biological systems, particularly in higher organisms. Here, we designed a set of homology-directed repair donor templates that enable efficient tagging of endogenous proteins with affinity tags by transient transfection and selection of genome-edited cells in various human cell lines. Combined with technological advancements in single-particle cryogenic electron microscopy, this strategy allows efficient structural studies of endogenous proteins captured in their native cellular environment and during different cellular processes. We demonstrated this strategy by tagging six different human proteins in both HEK293T and Jurkat cells. Moreover, analysis of endogenous glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) in HEK293T cells allowed us to follow its behavior spatially and temporally in response to prolonged oxidative stress, correlating the increased number of oxidation-induced inactive catalytic sites in GAPDH with its translocation from cytosol to nucleus.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37487103 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.98 - 2.3 Å
構造データ

29659

8g12

EMDB-29659, PDB-8g12:
CryoEM structure of nuclear GAPDH under 8h Oxidative Stress
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.17 Å

29660

8g13

EMDB-29660, PDB-8g13:
CryoEM structure of cytosolic GAPDH under 8h Oxidative Stress
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

29661

8g14

EMDB-29661, PDB-8g14:
CryoEM structure of cytosolic GAPDH under 8h Oxidative Stress, class2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

29662

8g15

EMDB-29662, PDB-8g15:
CryoEM structure of nuclear GAPDH under 24h Oxidative Stress
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

29663

8g16

EMDB-29663, PDB-8g16:
CryoEM structure of cytoplasmic GAPDH under 24h Oxidative Stress
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

29664

8g17

EMDB-29664, PDB-8g17:
CryoEM structure of wild-type GAPDH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.98 Å

由来
  • Homo (哺乳類)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / GAPDH / energy / cytosolic protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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