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タイトルStructural delineation and computational design of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies against Omicron subvariants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4198, Year 2023
掲載日2023年7月14日
著者Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki / Taiyou Someya / Hideo Fukuhara / Yudai Kuroda / Tsukasa Yamamoto / Taishi Onodera / Shuetsu Fukushi / Ken Maeda / Fukumi Nakamura-Uchiyama / Takao Hashiguchi / Atsushi Hoshino / Katsumi Maenaka / Yoshimasa Takahashi /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies resilient to mutations in emerging Omicron subvariants. Y489 was identified as a site of virus vulnerability and a common footprint of broadly neutralizing antibodies against the subvariants. Multiple Y489-binding antibodies were encoded by public clonotypes and additionally recognized F486, potentially accounting for the emergence of Omicron subvariants harboring the F486V mutation. However, a subclass of antibodies broadly neutralized BA.4/BA.5 variants via hydrophobic binding sites of rare clonotypes along with high mutation-resilience under escape mutation screening. A computationally designed antibody based on one of the Y489-binding antibodies, NIV-10/FD03, was able to bind XBB with any 486 mutation and neutralized XBB.1.5. The structural basis for the mutation-resilience of this Y489-binding antibody group may provide important insights into the design of therapeutics resistant to viral escape.
リンクNat Commun / PubMed:37452031 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.2 - 4.2 Å
構造データ

33820

7yh6

EMDB-33820: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-8 focused on RBD and NIV-8 interface
PDB-7yh6: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody NIV-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-33821: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-8 (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

33822

7yh7

EMDB-33822, PDB-7yh7:
SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-8 (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-33823: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-10 focused on RBD and NIV-10 interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-33824: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-10 (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-33825: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-10 (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-33826: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-10 (state 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-33827: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-13 focused on RBD and NIV-13 interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-33828: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-13 (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-33829: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-13 (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-33830: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-13 (state 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34741

8hgl

EMDB-34741, PDB-8hgl:
SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34742

8hgm

EMDB-34742: SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-11 focused on RBD and NIV-11 interface
PDB-8hgm: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody NIV-11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-8hes:
Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD and NIV-10 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / virus / SARS-CoV-2 / RBD / spike / antibody / IgG / neutralizing antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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