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Structure paper

タイトルTethered agonist activated ADGRF1 structure and signalling analysis reveal basis for G protein coupling.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2490, Year 2023
掲載日2023年4月29日
著者Daniel T D Jones / Andrew N Dates / Shaun D Rawson / Maggie M Burruss / Colin H Lipper / Stephen C Blacklow /
PubMed 要旨Adhesion G Protein Coupled Receptors (aGPCRs) have evolved an activation mechanism to translate extracellular force into liberation of a tethered agonist (TA) to effect cell signalling. We report ...Adhesion G Protein Coupled Receptors (aGPCRs) have evolved an activation mechanism to translate extracellular force into liberation of a tethered agonist (TA) to effect cell signalling. We report here that ADGRF1 can signal through all major G protein classes and identify the structural basis for a previously reported Gα preference by cryo-EM. Our structure shows that Gα preference in ADGRF1 may derive from tighter packing at the conserved F569 of the TA, altering contacts between TM helix I and VII, with a concurrent rearrangement of TM helix VII and helix VIII at the site of Gα recruitment. Mutational studies of the interface and of contact residues within the 7TM domain identify residues critical for signalling, and suggest that Gα signalling is more sensitive to mutation of TA or binding site residues than Gα. Our work advances the detailed molecular understanding of aGPCR TA activation, identifying features that potentially explain preferential signal modulation.
リンクNat Commun / PubMed:37120430 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.44 Å
構造データ

29684

8g2y

EMDB-29684, PDB-8g2y:
Cryo-EM structure of ADGRF1 coupled to miniGs/q
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

化合物

ChemComp-LPC:
[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / O-(1-O-ミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / agonist / G protein / signaling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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