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タイトルStructural and functional basis of the universal transcription factor NusG pro-pausing activity in Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 9, Page 1474-11488.e8, Year 2023
掲載日2023年5月4日
著者Madeleine Delbeau / Expery O Omollo / Ruby Froom / Steven Koh / Rachel A Mooney / Mirjana Lilic / Joshua J Brewer / Jeremy Rock / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / Robert Landick /
PubMed 要旨Transcriptional pauses mediate regulation of RNA biogenesis. DNA-encoded pause signals trigger pausing by stabilizing RNA polymerase (RNAP) swiveling and inhibiting DNA translocation. The N-terminal ...Transcriptional pauses mediate regulation of RNA biogenesis. DNA-encoded pause signals trigger pausing by stabilizing RNA polymerase (RNAP) swiveling and inhibiting DNA translocation. The N-terminal domain (NGN) of the only universal transcription factor, NusG/Spt5, modulates pausing through contacts to RNAP and DNA. Pro-pausing NusGs enhance pauses, whereas anti-pausing NusGs suppress pauses. Little is known about pausing and NusG in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis (Mtb). We report that MtbNusG is pro-pausing. MtbNusG captures paused, swiveled RNAP by contacts to the RNAP protrusion and nontemplate-DNA wedged between the NGN and RNAP gate loop. In contrast, anti-pausing Escherichia coli (Eco) NGN contacts the MtbRNAP gate loop, inhibiting swiveling and pausing. Using CRISPR-mediated genetics, we show that pro-pausing NGN is required for mycobacterial fitness. Our results define an essential function of mycobacterial NusG and the structural basis of pro- versus anti-pausing NusG activity, with broad implications for the function of all NusG orthologs.
リンクMol Cell / PubMed:37116494 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.71 Å
構造データ

27935

8e74

EMDB-27935, PDB-8e74:
Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

27938

8e79

EMDB-27938, PDB-8e79:
Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

27942

8e82

EMDB-27942, PDB-8e82:
Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

27944

8e8m

EMDB-27944, PDB-8e8m:
Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

27956

8e95

EMDB-27956, PDB-8e95:
Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/RNA / RNA polymerase / transcription factor / elongation / pausing / transcription-transferase-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / TRANSFERASE-DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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