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タイトルStructure and function of Plasmodium actin II in the parasite mosquito stages.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 19, Issue 3, Page e1011174, Year 2023
掲載日2023年3月6日
著者Andrea J Lopez / Maria Andreadaki / Juha Vahokoski / Elena Deligianni / Lesley J Calder / Serena Camerini / Anika Freitag / Ulrich Bergmann / Peter B Rosenthal / Inga Sidén-Kiamos / Inari Kursula /
PubMed 要旨Actins are filament-forming, highly-conserved proteins in eukaryotes. They are involved in essential processes in the cytoplasm and also have nuclear functions. Malaria parasites (Plasmodium spp.) ...Actins are filament-forming, highly-conserved proteins in eukaryotes. They are involved in essential processes in the cytoplasm and also have nuclear functions. Malaria parasites (Plasmodium spp.) have two actin isoforms that differ from each other and from canonical actins in structure and filament-forming properties. Actin I has an essential role in motility and is fairly well characterized. The structure and function of actin II are not as well understood, but mutational analyses have revealed two essential functions in male gametogenesis and in the oocyst. Here, we present expression analysis, high-resolution filament structures, and biochemical characterization of Plasmodium actin II. We confirm expression in male gametocytes and zygotes and show that actin II is associated with the nucleus in both stages in filament-like structures. Unlike actin I, actin II readily forms long filaments in vitro, and near-atomic structures in the presence or absence of jasplakinolide reveal very similar structures. Small but significant differences compared to other actins in the openness and twist, the active site, the D-loop, and the plug region contribute to filament stability. The function of actin II was investigated through mutational analysis, suggesting that long and stable filaments are necessary for male gametogenesis, while a second function in the oocyst stage also requires fine-tuned regulation by methylation of histidine 73. Actin II polymerizes via the classical nucleation-elongation mechanism and has a critical concentration of ~0.1 μM at the steady-state, like actin I and canonical actins. Similarly to actin I, dimers are a stable form of actin II at equilibrium.
リンクPLoS Pathog / PubMed:36877739 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.28 - 3.5 Å
構造データ

PDB-8ccn:
Filamentous actin II from Plasmodium falciparum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.5 Å

PDB-8cco:
JAS-stabilized F-ActinII from Plasmodium falciparum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.28 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-9UE:
Jasplakinolide

由来
  • plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
キーワードCELL INVASION / Filament-forming male-gametogenesis Zygote Hydrolase ATP-binding malaria methylation / Filament-forming male-gametogenesis Zygote Hydrolase ATP-binding Jasplakinolide malaria methylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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