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タイトルThe Myxobacterial Antibiotic Myxovalargin: Biosynthesis, Structural Revision, Total Synthesis, and Molecular Characterization of Ribosomal Inhibition.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 145, Issue 2, Page 851-863, Year 2023
掲載日2023年1月18日
著者Timm O Koller / Ullrich Scheid / Teresa Kösel / Jennifer Herrmann / Daniel Krug / Helena I M Boshoff / Bertrand Beckert / Joanna C Evans / Jan Schlemmer / Becky Sloan / Danielle M Weiner / Laura E Via / Atica Moosa / Thomas R Ioerger / Michael Graf / Boris Zinshteyn / Maha Abdelshahid / Fabian Nguyen / Stefan Arenz / Franziska Gille / Maik Siebke / Tim Seedorf / Oliver Plettenburg / Rachel Green / Anna-Luisa Warnke / Joachim Ullrich / Ralf Warrass / Clifton E Barry / Digby F Warner / Valerie Mizrahi / Andreas Kirschning / Daniel N Wilson / Rolf Müller /
PubMed 要旨Resistance of bacterial pathogens against antibiotics is declared by WHO as a major global health threat. As novel antibacterial agents are urgently needed, we re-assessed the broad-spectrum ...Resistance of bacterial pathogens against antibiotics is declared by WHO as a major global health threat. As novel antibacterial agents are urgently needed, we re-assessed the broad-spectrum myxobacterial antibiotic myxovalargin and found it to be extremely potent against . To ensure compound supply for further development, we studied myxovalargin biosynthesis in detail enabling production via fermentation of a native producer. Feeding experiments as well as functional genomics analysis suggested a structural revision, which was eventually corroborated by the development of a concise total synthesis. The ribosome was identified as the molecular target based on resistant mutant sequencing, and a cryo-EM structure revealed that myxovalargin binds within and completely occludes the exit tunnel, consistent with a mode of action to arrest translation during a late stage of translation initiation. These studies open avenues for structure-based scaffold improvement toward development as an antibacterial agent.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:36603206 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 3.0 Å
構造データ

14121

7qq3

EMDB-14121, PDB-7qq3:
Cryo-EM structure of the E.coli 50S ribosomal subunit in complex with the antibiotic Myxovalargin A.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

15905

8b7y

EMDB-15905, PDB-8b7y:
Cryo-EM structure of the E.coli 70S ribosome in complex with the antibiotic Myxovalargin B.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • myxococcus fulvus (バクテリア)
  • Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / Antibiotic / Myxovalargin A / MyxA / Myxovalargin B / MyxB / fMet-tRNA / P-tRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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