[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analog inhibitors.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 185, Issue 23, Page 4347-4360.e17, Year 2022
掲載日2022年11月10日
著者Liming Yan / Yucen Huang / Ji Ge / Zhenyu Liu / Pengchi Lu / Bo Huang / Shan Gao / Junbo Wang / Liping Tan / Sihan Ye / Fengxi Yu / Weiqi Lan / Shiya Xu / Feng Zhou / Lei Shi / Luke W Guddat / Yan Gao / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
PubMed 要旨Decoration of cap on viral RNA plays essential roles in SARS-CoV-2 proliferation. Here, we report a mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and document structural details at atomic resolution. The ...Decoration of cap on viral RNA plays essential roles in SARS-CoV-2 proliferation. Here, we report a mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and document structural details at atomic resolution. The NiRAN domain in polymerase catalyzes the covalent link of RNA 5' end to the first residue of nsp9 (termed as RNAylation), thus being an intermediate to form cap core (GpppA) with GTP catalyzed again by NiRAN. We also reveal that triphosphorylated nucleotide analog inhibitors can be bonded to nsp9 and fit into a previously unknown "Nuc-pocket" in NiRAN, thus inhibiting nsp9 RNAylation and formation of GpppA. S-loop (residues 50-KTN-52) in NiRAN presents a remarkable conformational shift observed in RTC bound with sofosbuvir monophosphate, reasoning an "induce-and-lock" mechanism to design inhibitors. These findings not only improve the understanding of SARS-CoV-2 RNA capping and the mode of action of NAIs but also provide a strategy to design antiviral drugs.
リンクCell / PubMed:36335936 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.64 - 3.8 Å
構造データ

34302

8gw1

EMDB-34302, PDB-8gw1:
A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

34308

8gwb

EMDB-34308: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
PDB-8gwb: SARS-CoV-2 E-RTC complex with RNA-nsp9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

34310

8gwe

EMDB-34310: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
PDB-8gwe: SARS-CoV-2 E-RTC complex with RNA-nsp9 and GMPPNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

34311

8gwf

EMDB-34311, PDB-8gwf:
A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

34312

8gwg

EMDB-34312, PDB-8gwg:
A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

34313

8gwi

EMDB-34313, PDB-8gwi:
A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

34314

8gwk

EMDB-34314, PDB-8gwk:
SARS-CoV-2 RNA E-RTC complex with RMP-nsp9 and GMPPNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

34316

8gwm

EMDB-34316, PDB-8gwm:
SARS-CoV-2 E-RTC bound with MMP-nsp9 and GMPPNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

34317

8gwn

EMDB-34317: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
PDB-8gwn: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibitor of AT-527
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

34318

8gwo

EMDB-34318, PDB-8gwo:
A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-U5P:
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-F86:
[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanylpyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 薬剤, 抗ウイルス剤*YM

ChemComp-6GS:
2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate)

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / capping / nucleotide analogue inhibitor / cryo-EM / VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る