[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルH2B Lys34 Ubiquitination Induces Nucleosome Distortion to Stimulate Dot1L Activity.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 18, Issue 9, Page 972-980, Year 2022
掲載日2022年6月23日
著者Huasong Ai / Maoshen Sun / Aijun Liu / Zixian Sun / Tingting Liu / Lin Cao / Lujun Liang / Qian Qu / Zichen Li / Zhiheng Deng / Zebin Tong / Guochao Chu / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Suwen Zhao / Jia-Bin Li / Zhiyong Lou / Lei Liu /
PubMed 要旨Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the ...Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the central focus. Here our study on the crosstalk between H2BK34ub and Dot1L-catalyzed H3K79me suggests a novel mechanism of ubiquitination-induced nucleosome distortion to stimulate the activity of an enzyme. We determined the cryo-electron microscopy structures of Dot1L-H2BK34ub nucleosome complex and the H2BK34ub nucleosome alone. The structures reveal that H2BK34ub induces an almost identical orientation and binding pattern of Dot1L on nucleosome as H2BK120ub, which positions Dot1L for the productive conformation through direct ubiquitin-enzyme contacts. However, H2BK34-anchored ubiquitin does not directly interact with Dot1L as occurs in the case of H2BK120ub, but rather induces DNA and histone distortion around the modified site. Our findings establish the structural framework for understanding the H2BK34ub-H3K79me trans-crosstalk and highlight the diversity of mechanisms for histone ubiquitination to activate chromatin-modifying enzymes.
リンクNat Chem Biol / PubMed:35739357
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 3.48 Å
構造データ

33126

7xcr

EMDB-33126, PDB-7xcr:
Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

33127

7xct

EMDB-33127, PDB-7xct:
Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 2:1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

EMDB-33128: cryo-EM map of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome complex containing addition map (1:1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

33131

7xd0

EMDB-33131, PDB-7xd0:
cryo-EM structure of H2BK34ub nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

33132

7xd1

EMDB-33132, PDB-7xd1:
cryo-EM structure of unmodified nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-33139: cryo-EM map of Dot1L and H3K79Nle nucleosome complex (active state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-33141: cryo-EM map of Dot1L and H3K79Nle nucleosome complex (inactive state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

化合物

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Complex / Dot1L / H2BK34ub / Nucleosome / H2BK34ub nucleosome / unmodified nucleosome

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る