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タイトルAn antibody class with a common CDRH3 motif broadly neutralizes sarbecoviruses.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 14, Issue 646, Page eabn6859, Year 2022
掲載日2022年5月25日
著者Lihong Liu / Sho Iketani / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Jian Yu / Jasper F-W Chan / Maple Wang / Gabriele Cerutti / Zhiteng Li / Nicholas C Morano / Candace D Castagna / Laura Corredor / Hin Chu / Shuofeng Yuan / Vincent Kwok-Man Poon / Chris Chun-Sing Chan / Zhiwei Chen / Yang Luo / Marcus Cunningham / Alejandro Chavez / Michael T Yin / David S Perlin / Moriya Tsuji / Kwok-Yung Yuen / Peter D Kwong / Zizhang Sheng / Yaoxing Huang / Lawrence Shapiro / David D Ho /
PubMed 要旨The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related ...The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related viruses in the sarbecovirus subgenus, we identified a human monoclonal antibody, 10-40, that neutralized or bound all sarbecoviruses tested in vitro and protected against SARS-CoV-2 and SARS-CoV in vivo. Comparative studies with other receptor-binding domain (RBD)-directed antibodies showed 10-40 to have the greatest breadth against sarbecoviruses, suggesting that 10-40 is a promising agent for pandemic preparedness. Moreover, structural analyses on 10-40 and similar antibodies not only defined an epitope cluster in the inner face of the RBD that is well conserved among sarbecoviruses but also uncovered a distinct antibody class with a common CDRH3 motif. Our analyses also suggested that elicitation of this class of antibodies may not be overly difficult, an observation that bodes well for the development of a pan-sarbecovirus vaccine.
リンクSci Transl Med / PubMed:35438546 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.53 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-25146: Broadly Neutralizing Antibody 10-40 in complex with prefusion SARS-CoV-2 B.1.351 Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-25166: Antibody 10-28 in complex with prefusion SARS-CoV-2 B.1.351 Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-25167: Antibody 11-11 in complex with prefusion SARS-CoV-2 B.1.351 Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

PDB-7sd5:
Crystallographic structure of neutralizing antibody 10-40 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-7si2:
Crystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-7ttm:
Crystal structure of potent neutralizing antibody 10-40 in complex with Sarbecovirus bat SHC014 receptor-binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.24 Å

PDB-7ttx:
Crystal structure of potent neutralizing antibody 10-40 in complex with Sarbecovirus bat RaTG13 receptor-binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7tty:
Crystal structure of potent neutralizing antibody 10-40 in complex with bat WIV1 receptor-binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.11 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • bat sars-like coronavirus rsshc014 (ウイルス)
  • bat coronavirus ratg13 (ウイルス)
  • bat sars-like coronavirus wiv1 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / Viral protein / Spike glycoprotein / Receptor Binding Protein / RBD / Neutralizing antibody / 10-40 / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / 10-28 / SarbecoVirus / SCH014 RBD / potent / RaTG13 RBD / WIV1 RBD

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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