[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルChimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 6, Page 1199-11209.e6, Year 2022
掲載日2022年3月17日
著者Connor A Tsuchida / Shouyue Zhang / Mohammad Saffari Doost / Yuqian Zhao / Jia Wang / Elizabeth O'Brien / Huan Fang / Cheng-Ping Li / Danyuan Li / Zhuo-Yan Hai / Jonathan Chuck / Julian Brötzmann / Araz Vartoumian / David Burstein / Xiao-Wei Chen / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / Jun-Jie Gogo Liu /
PubMed 要旨A compact protein with a size of <1,000 amino acids, the CRISPR-associated protein CasX is a fundamentally distinct RNA-guided nuclease when compared to Cas9 and Cas12a. Although it can induce RNA-guided genome editing in mammalian cells, the activity of CasX is less robust than that of the widely used S. pyogenes Cas9. Here, we show that structural features of two CasX homologs and their guide RNAs affect the R-loop complex assembly and DNA cleavage activity. Cryo-EM-based structural engineering of either the CasX protein or the guide RNA produced two new CasX genome editors (DpbCasX-R3-v2 and PlmCasX-R1-v2) with significantly improved DNA manipulation efficacy. These results advance both the mechanistic understanding of CasX and its application as a genome-editing tool.
リンクMol Cell / PubMed:35219382 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

32389

7way

EMDB-32389, PDB-7way:
PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

32390

7waz

EMDB-32390, PDB-7waz:
PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at ts loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

32391

7wb0

EMDB-32391, PDB-7wb0:
PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state with flexible H2 domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

32392

7wb1

EMDB-32392, PDB-7wb1:
PlmCasX-sgRNAv2-dsDNA ternary complex at nts loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • Planctomycetes (バクテリア)
  • planctomycetes bacterium (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR / CasX / sgRNA / R-loop complex / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る