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タイトルLarge-scale movement of eIF3 domains during translation initiation modulate start codon selection.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 49, Issue 20, Page 11491-11511, Year 2021
掲載日2021年11月18日
著者Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Jinsheng Dong / Laura Villamayor / Yuliya Gordiyenko / Alan G Hinnebusch /
PubMed 要旨The eukaryotic initiation factor 3 (eIF3) complex is involved in every step of translation initiation, but there is limited understanding of its molecular functions. Here, we present a single ...The eukaryotic initiation factor 3 (eIF3) complex is involved in every step of translation initiation, but there is limited understanding of its molecular functions. Here, we present a single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) reconstruction of yeast 48S ribosomal preinitiation complex (PIC) in an open conformation conducive to scanning, with core subunit eIF3b bound on the 40S interface near the decoding center in contact with the ternary complex eIF2·GTP·initiator tRNA. eIF3b is relocated together with eIF3i from their solvent interface locations observed in other PIC structures, with eIF3i lacking 40S contacts. Re-processing of micrographs of our previous 48S PIC in a closed state also suggests relocation of the entire eIF3b-3i-3g-3a-Cter module during the course of initiation. Genetic analysis indicates that high fidelity initiation depends on eIF3b interactions at the 40S subunit interface that promote the closed PIC conformation, or facilitate the relocation of eIF3b/eIF3i to the solvent interface, on start codon selection.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:34648019 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.15 - 5.75 Å
構造データ

0057

6gsm

EMDB-0057: Cryo-EM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in its open conformation.
PDB-6gsm: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.15 Å

0058

6gsn

EMDB-0058: Cryo-EM map of a partial yeast 48S preinitiation complex in its closed conformation obtained by focused classification using masks for eIF3b-eIF3i.
PDB-6gsn: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.75 Å

化合物

ChemComp-7NO:
[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GCP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸 / GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

由来
  • kluyveromyces lactis (strain atcc 8585 / cbs 2359 / dsm 70799 / nbrc 1267 / nrrl y-1140 / wm37) (酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • kluyveromyces lactis (酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • kluyveromyces lactis nrrl y-1140 (酵母)
キーワードRIBOSOME / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 / eIF2 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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