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タイトルPotent neutralizing RBD-specific antibody cocktail against SARS-CoV-2 and its mutant.
ジャーナル・号・ページMedComm (2020), Vol. 2, Issue 3, Page 442-452, Year 2021
掲載日2021年6月24日
著者Lina Jia / Yan-Ping Liu / Li-Fei Tian / Chao Xiong / Xin Xu / Honge Qu / Weixi Xiong / Dong Zhou / Feng Wang / Zheng Liu / Xiao-Xue Yan / Wenqing Xu / Lin Tang /
PubMed 要旨The ongoing pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its variants has posed a serious global public health emergency. Therapeutic interventions or vaccines ...The ongoing pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its variants has posed a serious global public health emergency. Therapeutic interventions or vaccines are urgently needed to treat and prevent the further dissemination of this contagious virus. This study described the identification of neutralizing receptor-binding domain (RBD)-specific antibodies from mice through vaccination with a recombinant SARS-CoV-2 RBD. RBD-targeted monoclonal antibodies (mAbs) with distinct function and epitope recognition were selected to understand SARS-CoV-2 neutralization. High-affinity RBD-specific antibodies exhibited high potency in neutralizing both live and pseudotype SARS-CoV-2 viruses and the SARS-CoV-2 pseudovirus particle containing the spike protein S-RBD mutant (SARS-CoV-2(V367F)). These results demonstrated that these antibodies recognize four distinct groups (I-IV) of epitopes on the RBD and that mAbs targeting group I epitope can be used in combination with mAbs recognizing groups II and/or IV epitope to make mAb cocktails against SARS-CoV-2 and its mutants. Moreover, structural characterization reveals that groups I, III, and IV epitopes are closely located to an RBD hotspot. The identification of RBD-specific antibodies and cocktails may provide an effective therapeutic and prophylactic intervention against SARS-CoV-2 and its isolates.
リンクMedComm (2020) / PubMed:34541573 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-30861:
Cryo-electron microscopy density map of the the RBD V367F in complex with MA1ScFv, MA2Fab, and MA5Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-30863:
Cryo-electron microscopy density map of the the RBD in complex with MA1ScFv, MA2Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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