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Structure paper

タイトルActivation mechanism of human soluble guanylate cyclase by stimulators and activators.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 5492, Year 2021
掲載日2021年9月17日
著者Rui Liu / Yunlu Kang / Lei Chen /
PubMed 要旨Soluble guanylate cyclase (sGC) is the receptor for nitric oxide (NO) in human. It is an important validated drug target for cardiovascular diseases. sGC can be pharmacologically activated by ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the receptor for nitric oxide (NO) in human. It is an important validated drug target for cardiovascular diseases. sGC can be pharmacologically activated by stimulators and activators. However, the detailed structural mechanisms, through which sGC is recognized and positively modulated by these drugs at high spacial resolution, are poorly understood. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human sGC in complex with NO and sGC stimulators, YC-1 and riociguat, and also in complex with the activator cinaciguat. These structures uncover the molecular details of how stimulators interact with residues from both β H-NOX and CC domains, to stabilize sGC in the extended active conformation. In contrast, cinaciguat occupies the haem pocket in the β H-NOX domain and sGC shows both inactive and active conformations. These structures suggest a converged mechanism of sGC activation by pharmacological compounds.
リンクNat Commun / PubMed:34535643 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 4.1 Å
構造データ

30618

7d9r

EMDB-30618, PDB-7d9r:
Structure of huamn soluble guanylate cyclase in the riociguat and NO-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

30619

7d9s

EMDB-30619, PDB-7d9s:
Structure of huamn soluble guanylate cyclase in the YC1 and NO-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

30620

7d9t

EMDB-30620, PDB-7d9t:
Structure of human soluble guanylate cyclase in the cinciguat-bound inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

30621

7d9u

EMDB-30621, PDB-7d9u:
Structure of human soluble guanylate cyclase in the cinciguat-bound activated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-GZO:
methyl ~{N}-[4,6-bis(azanyl)-2-[1-[(2-fluorophenyl)methyl]pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]pyrimidin-5-yl]-~{N}-methyl-carbamate / リオシグアト / 薬剤*YM

ChemComp-YC1:
[5-[1-(phenylmethyl)indazol-3-yl]furan-2-yl]methanol / YC-1

ChemComp-Z90:
4-({(4-carboxybutyl)[2-(2-{[4-(2-phenylethyl)benzyl]oxy}phenyl)ethyl]amino}methyl)benzoic acid / BAY-58-2667

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / soluble guanylate cyclase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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