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タイトルStructures of tmRNA and SmpB as they transit through the ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4909, Year 2021
掲載日2021年8月13日
著者Charlotte Guyomar / Gaetano D'Urso / Sophie Chat / Emmanuel Giudice / Reynald Gillet /
PubMed 要旨In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), ...In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), a hybrid RNA known to have both a tRNA-like and an mRNA-like domain. Here we present four cryo-EM structures of the ribosome during trans-translation at resolutions from 3.0 to 3.4 Å. These include the high-resolution structure of the whole pre-accommodated state, as well as structures of the accommodated state, the translocated state, and a translocation intermediate. Together, they shed light on the movements of the tmRNA-SmpB complex in the ribosome, from its delivery by the elongation factor EF-Tu to its passage through the ribosomal A and P sites after the opening of the B1 bridges. Additionally, we describe the interactions between the tmRNA-SmpB complex and the ribosome. These explain why the process does not interfere with canonical translation.
リンクNat Commun / PubMed:34389707 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.08 - 3.44 Å
構造データ

11710

7abz

EMDB-11710, PDB-7abz:
Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

11713

7ac7

EMDB-11713, PDB-7ac7:
Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli stalled ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

11717

7acj

EMDB-11717, PDB-7acj:
Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

11718

7acr

EMDB-11718, PDB-7acr:
Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-KIR:
KIRROMYCIN

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli bl21(de3) (大腸菌)
キーワードTRANSLATION / Trans-translation / tmRNA / SmpB / Ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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