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タイトルStructural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 373, Issue 6555, Page 642-648, Year 2021
掲載日2021年8月6日
著者Yongfei Cai / Jun Zhang / Tianshu Xiao / Christy L Lavine / Shaun Rawson / Hanqin Peng / Haisun Zhu / Krishna Anand / Pei Tong / Avneesh Gautam / Shen Lu / Sarah M Sterling / Richard M Walsh / Sophia Rits-Volloch / Jianming Lu / Duane R Wesemann / Wei Yang / Michael S Seaman / Bing Chen /
PubMed 要旨Several fast-spreading variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have become the dominant circulating strains in the COVID-19 pandemic. We report here cryo-electron ...Several fast-spreading variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have become the dominant circulating strains in the COVID-19 pandemic. We report here cryo-electron microscopy structures of the full-length spike (S) trimers of the B.1.1.7 and B.1.351 variants, as well as their biochemical and antigenic properties. Amino acid substitutions in the B.1.1.7 protein increase both the accessibility of its receptor binding domain and the binding affinity for receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). The enhanced receptor engagement may account for the increased transmissibility. The B.1.351 variant has evolved to reshape antigenic surfaces of the major neutralizing sites on the S protein, making it resistant to some potent neutralizing antibodies. These findings provide structural details on how SARS-CoV-2 has evolved to enhance viral fitness and immune evasion.
リンクScience / PubMed:34168070 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.3 Å
構造データ

EMDB-24121, PDB-7n1q:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-24122, PDB-7n1t:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-24123, PDB-7n1u:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-24124, PDB-7n1v:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-24125, PDB-7n1w:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-24126, PDB-7n1x:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-24127, PDB-7n1y:
Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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