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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction.
ジャーナル・号・ページ	Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 118, Year 2021
掲載日	2021年3月28日 (構造データの登録日)
著者	Gregory, M.T. / Gao, Y. / Cui, Q. / Yang, W.
リンク	Proc. Natl. Acad. Sci. USA / PubMed:34088846
手法	X線回折
解像度	1.31 - 2.27 Å
構造データ	PDB-7m7l: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å PDB-7m7m: Human DNA Pol eta with rA-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å PDB-7m7n: Human DNA Pol eta with 2'-FA-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å PDB-7m7o: Human DNA Pol eta with dT-ended primer and 0.1 mM dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å PDB-7m7p: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å PDB-7m7q: Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.27 Å PDB-7m7r: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å PDB-7m7s: Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and 0.1 mM dAMPNPP 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å PDB-7m7t: Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å PDB-7m7u: Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 480s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å PDB-7m7y: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å PDB-7m7z: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 40 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å PDB-7m80: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 100 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å PDB-7m81: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 100 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å PDB-7m82: Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å PDB-7m83: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å PDB-7m84: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 40 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å PDB-7m85: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 80 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å PDB-7m86: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 140 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å PDB-7m87: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 230 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å PDB-7m88: Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å PDB-7m89: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å PDB-7m8a: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 40 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å PDB-7m8b: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 140 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å PDB-7m8c: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 230 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å PDB-7m8d: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å
化合物	ChemComp-DZ4: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine ChemComp-MG: Unknown entry / マグネシウムジカチオン ChemComp-GOL: GLYCEROL / グリセロ-ル ChemComp-HOH: WATER ChemComp-CA: Unknown entry / カルシウムジカチオン ChemComp-DTP: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP ChemComp-K: Unknown entry / カリウムカチオン ChemComp-DPO: DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト
由来	homo sapiens (ヒト)
キーワード	TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / Time resolved crystallography / deprotonation / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex