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タイトルCryo-electron microscopy structures of the N501Y SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2 and 2 potent neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページPLoS Biol, Vol. 19, Issue 4, Page e3001237, Year 2021
掲載日2021年4月29日
著者Xing Zhu / Dhiraj Mannar / Shanti S Srivastava / Alison M Berezuk / Jean-Philippe Demers / James W Saville / Karoline Leopold / Wei Li / Dimiter S Dimitrov / Katharine S Tuttle / Steven Zhou / Sagar Chittori / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨The recently reported "UK variant" (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 is thought to be more infectious than previously circulating strains as a result of several changes, including the N501Y mutation. We ...The recently reported "UK variant" (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 is thought to be more infectious than previously circulating strains as a result of several changes, including the N501Y mutation. We present a 2.9-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the complex between the ACE2 receptor and N501Y spike protein ectodomains that shows Y501 inserted into a cavity at the binding interface near Y41 of ACE2. This additional interaction provides a structural explanation for the increased ACE2 affinity of the N501Y mutant, and likely contributes to its increased infectivity. However, this mutation does not result in large structural changes, enabling important neutralization epitopes to be retained in the spike receptor binding domain. We confirmed this through biophysical assays and by determining cryo-EM structures of spike protein ectodomains bound to 2 representative potent neutralizing antibody fragments.
リンクPLoS Biol / PubMed:33914735 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.66 - 3.32 Å
構造データ

23872

7mjg

EMDB-23872, PDB-7mjg:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

23873

7mjh

EMDB-23873, PDB-7mjh:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to VH ab8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

23874

7mji

EMDB-23874, PDB-7mji:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to VH ab8 (focused refinement of RBD and VH ab8)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

23875

7mjj

EMDB-23875, PDB-7mjj:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

23876

7mjk

EMDB-23876, PDB-7mjk:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

23877

7mjl

EMDB-23877, PDB-7mjl:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (focused refinement of RBD and Fab ab1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

23878

7mjm

EMDB-23878, PDB-7mjm:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

23879

7mjn

EMDB-23879, PDB-7mjn:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / glycoprotein / fusion protein / VH ab8 / neutralizing antibody / Viral Protein/Immune System / Viral Protein-Immune System complex / Fab ab1 / ACE2 / VIRAL PROTEIN/Hydrolase / VIRAL PROTEIN-Hydrolase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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