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タイトルCryo-EM structures of engineered active bc-cbb type CIIICIV super-complexes and electronic communication between the complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 929, Year 2021
掲載日2021年2月10日
著者Stefan Steimle / Trevor van Eeuwen / Yavuz Ozturk / Hee Jong Kim / Merav Braitbard / Nur Selamoglu / Benjamin A Garcia / Dina Schneidman-Duhovny / Kenji Murakami / Fevzi Daldal /
PubMed 要旨Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex ...Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex III, CIII), and may have specific cbb-type cyt c oxidases (Complex IV, CIV) instead of the canonical aa-type CIV. Electron transfer between these complexes is mediated by soluble (c) and membrane-anchored (c) cyts. Here, we report the structure of an engineered bc-cbb type SC (CIIICIV, 5.2 Å resolution) and three conformers of native CIII (3.3 Å resolution). The SC is active in vivo and in vitro, contains all catalytic subunits and cofactors, and two extra transmembrane helices attributed to cyt c and the assembly factor CcoH. The cyt c is integral to SC, its cyt domain is mobile and it conveys electrons to CIV differently than cyt c. The successful production of a native-like functional SC and determination of its structure illustrate the characteristics of membrane-confined and membrane-external respiratory electron transport pathways in Gram-negative bacteria.
リンクNat Commun / PubMed:33568648 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 7.2 Å
構造データ

22189

6xi0

EMDB-22189, PDB-6xi0:
R. capsulatus cyt bc1 (CIII2) at 3.3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22224

6xkt

EMDB-22224, PDB-6xkt:
R. capsulatus cyt bc1 with both FeS proteins in c position (CIII2 c-c)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

22225

6xku

EMDB-22225, PDB-6xku:
R. capsulatus cyt bc1 with one FeS protein in b position and one in c position (CIII2 b-c)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

22226

6xkv

EMDB-22226, PDB-6xkv:
R. capsulatus cyt bc1 with both FeS proteins in b position (CIII2 b-b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

22227

6xkw

EMDB-22227, PDB-6xkw:
R. capsulatus CIII2CIV bipartite super-complex (SC-2A) with CcoH/cy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

22228

6xkx

EMDB-22228, PDB-6xkx:
R. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

22230

6xkz

EMDB-22230, PDB-6xkz:
R. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation B (SC-1B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

化合物

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

由来
  • Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
  • rhodobacter capsulatus (strain atcc baa-309 / nbrc 16581 / sb1003) (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 membrane protein complex ubiquinone:cytochrome c oxidoreductase Complex III / TRANSLOCASE/Oxidoreductase / cytochrome bc1 / membrane protein complex / ubiquinone:cytochrome c oxidoreductase / Complex III / TRANSLOCASE-Oxidoreductase complex / cbb3-COX / Complex IV

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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