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Structure paper

タイトルStructure of the catalytic core of the Integrator complex.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 6, Page 1246-11259.e8, Year 2021
掲載日2021年3月18日
著者Moritz M Pfleiderer / Wojciech P Galej /
PubMed 要旨The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs) ...The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs). We provide evidence of the modular nature of the Integrator complex by biochemically characterizing its two subcomplexes, INTS5/8 and INTS10/13/14. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we determined a 3.5-Å-resolution structure of the INTS4/9/11 ternary complex, which constitutes Integrator's catalytic core. Our structure reveals the spatial organization of the catalytic nuclease INTS11, bound to its catalytically impaired homolog INTS9 via several interdependent interfaces. INTS4, a helical repeat protein, plays a key role in stabilizing nuclease domains and other components. In this assembly, all three proteins form a composite electropositive groove, suggesting a putative RNA binding path within the complex. Comparison with other 3' end-processing machineries points to distinct features and a unique architecture of the Integrator's catalytic module.
リンクMol Cell / PubMed:33548203 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.56 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-12159:
Structure of the Integrator cleavage module containing INTS4/9/11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-12163:
Integrator cleavage module with focused classification on the INTS9/11 CTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-12164:
Integrator cleavage module with focused classification on the INTS4 CTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

12165

7bfp

EMDB-12165, PDB-7bfp:
Structure of the Integrator cleavage module with INTS4/9/11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

12166

7bfq

EMDB-12166: Medium resolution map of the Integrator cleavage module
PDB-7bfq: Structure of the Integrator cleavage module with extended INTS4 and rigid body docked INTS9/11 CTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.15 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclease / Integrator / 3'-end processing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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