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タイトルTransport Cycle of Plasma Membrane Flippase ATP11C by Cryo-EM.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 32, Issue 13, Page 108208, Year 2020
掲載日2020年9月29日
著者Hanayo Nakanishi / Tomohiro Nishizawa / Katsumori Segawa / Osamu Nureki / Yoshinori Fujiyoshi / Shigekazu Nagata / Kazuhiro Abe /
PubMed 要旨ATP11C, a plasma membrane phospholipid flippase, maintains the asymmetric distribution of phosphatidylserine accumulated in the inner leaflet. Caspase-dependent inactivation of ATP11C is essential ...ATP11C, a plasma membrane phospholipid flippase, maintains the asymmetric distribution of phosphatidylserine accumulated in the inner leaflet. Caspase-dependent inactivation of ATP11C is essential for an apoptotic "eat me" signal, phosphatidylserine exposure, which prompts phagocytes to engulf cells. We show six cryo-EM structures of ATP11C at 3.0-4.0 Å resolution in five different states of the transport cycle. A structural comparison reveals phosphorylation-driven domain movements coupled with phospholipid binding. Three structures of phospholipid-bound states visualize phospholipid translocation accompanied by the rearrangement of transmembrane helices and an unwound portion at the occlusion site, and thus they detail the basis for head group recognition and the locality of the protein-bound acyl chains in transmembrane grooves. Invariant Lys880 and the surrounding hydrogen-bond network serve as a pivot point for helix bending and precise P domain inclination, which is crucial for dephosphorylation. The structures detail key features of phospholipid translocation by ATP11C, and a common basic mechanism for flippases is emerging.
リンクCell Rep / PubMed:32997992
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.0 Å
構造データ

30163

7bsp

EMDB-30163, PDB-7bsp:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in E1-AMPPCP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

30164

7bsq

EMDB-30164, PDB-7bsq:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in E1AlF-ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

30165

7bss

EMDB-30165, PDB-7bss:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in E1AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

30167

7bsu

EMDB-30167, PDB-7bsu:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in PtdSer-bound E2BeF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

30168

7bsv

EMDB-30168, PDB-7bsv:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in PtdSer-occluded E2-AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

30169

7bsw

EMDB-30169, PDB-7bsw:
Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase in PtdEtn-occluded E2-AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

ChemComp-AH2:
1-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 1,5-アンヒドロ-D-マンニト-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Flippase / P-type ATPase / P4-ATPase / Phospholipid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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