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タイトルArchitecture of the centriole cartwheel-containing region revealed by cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 39, Issue 22, Page e106246, Year 2020
掲載日2020年11月16日
著者Nikolai Klena / Maeva Le Guennec / Anne-Marie Tassin / Hugo van den Hoek / Philipp S Erdmann / Miroslava Schaffer / Stefan Geimer / Gabriel Aeschlimann / Lubomir Kovacik / Yashar Sadian / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Benjamin D Engel / Virginie Hamel / Paul Guichard /
PubMed 要旨Centrioles are evolutionarily conserved barrels of microtubule triplets that form the core of the centrosome and the base of the cilium. While the crucial role of the proximal region in centriole ...Centrioles are evolutionarily conserved barrels of microtubule triplets that form the core of the centrosome and the base of the cilium. While the crucial role of the proximal region in centriole biogenesis has been well documented, its native architecture and evolutionary conservation remain relatively unexplored. Here, using cryo-electron tomography of centrioles from four evolutionarily distant species, we report on the architectural diversity of the centriole's proximal cartwheel-bearing region. Our work reveals that the cartwheel central hub is constructed from a stack of paired rings with cartwheel inner densities inside. In both Paramecium and Chlamydomonas, the repeating structural unit of the cartwheel has a periodicity of 25 nm and consists of three ring pairs, with 6 radial spokes emanating and merging into a single bundle that connects to the microtubule triplet via the D2-rod and the pinhead. Finally, we identified that the cartwheel is indirectly connected to the A-C linker through the triplet base structure extending from the pinhead. Together, our work provides unprecedented evolutionary insights into the architecture of the centriole proximal region, which underlies centriole biogenesis.
リンクEMBO J / PubMed:32954513 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度31.2 - 37.4 Å
構造データ

EMDB-10726:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the A-C linker from the end of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.2 Å

EMDB-10727:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the A-C linker from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.2 Å

EMDB-10728:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the end of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.4 Å

EMDB-10729:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.5 Å

由来
  • Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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