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タイトルThe Mottled Capsid of the Giant Phage SPN3US, a Likely Maturation Intermediate with a Novel Internal Shell.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 12, Issue 9, Year 2020
掲載日2020年8月19日
著者J Bernard Heymann / Bing Wang / William W Newcomb / Weimin Wu / Dennis C Winkler / Naiqian Cheng / Erin R Reilly / Ru-Ching Hsia / Julie A Thomas / Alasdair C Steven /
PubMed 要旨"Giant" phages have genomes of >200 kbp, confined in correspondingly large capsids whose assembly and maturation are still poorly understood. Nevertheless, the first assembly product is likely to be, ..."Giant" phages have genomes of >200 kbp, confined in correspondingly large capsids whose assembly and maturation are still poorly understood. Nevertheless, the first assembly product is likely to be, as in other tailed phages, a procapsid that subsequently matures and packages the DNA. The associated transformations include the cleavage of many proteins by the phage-encoded protease, as well as the thinning and angularization of the capsid. We exploited an amber mutation in the viral protease gene of the giant phage SPN3US, which leads to the accumulation of a population of capsids with distinctive properties. Cryo-electron micrographs reveal patterns of internal density different from those of the DNA-filled heads of virions, leading us to call them "mottled capsids". Reconstructions show an outer shell with T = 27 symmetry, an embellishment of the HK97 prototype composed of the major capsid protein, gp75, which is similar to some other giant viruses. The mottled capsid has a T = 1 inner icosahedral shell that is a complex network of loosely connected densities composed mainly of the ejection proteins gp53 and gp54. Segmentation of this inner shell indicated that a number of densities (~12 per asymmetric unit) adopt a "twisted hook" conformation. Large patches of a proteinaceous tetragonal lattice with a 67 Å repeat were also present in the cell lysate. The unexpected nature of these novel inner shell and lattice structures poses questions as to their functions in virion assembly.
リンクViruses / PubMed:32825132 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度16.0 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-22331:
SPN3US phage empty capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-22332:
Phage SPN3US mottled capsid (glutaraldehyde-fixed)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22333:
SPN3US phage mottled capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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