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タイトルThe MiDAC histone deacetylase complex is essential for embryonic development and has a unique multivalent structure.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 3252, Year 2020
掲載日2020年6月26日
著者Robert E Turnbull / Louise Fairall / Almutasem Saleh / Emma Kelsall / Kyle L Morris / T J Ragan / Christos G Savva / Aditya Chandru / Christopher J Millard / Olga V Makarova / Corinne J Smith / Alan M Roseman / Andrew M Fry / Shaun M Cowley / John W R Schwabe /
PubMed 要旨MiDAC is one of seven distinct, large multi-protein complexes that recruit class I histone deacetylases to the genome to regulate gene expression. Despite implications of involvement in cell cycle ...MiDAC is one of seven distinct, large multi-protein complexes that recruit class I histone deacetylases to the genome to regulate gene expression. Despite implications of involvement in cell cycle regulation and in several cancers, surprisingly little is known about the function or structure of MiDAC. Here we show that MiDAC is important for chromosome alignment during mitosis in cancer cell lines. Mice lacking the MiDAC proteins, DNTTIP1 or MIDEAS, die with identical phenotypes during late embryogenesis due to perturbations in gene expression that result in heart malformation and haematopoietic failure. This suggests that MiDAC has an essential and unique function that cannot be compensated by other HDAC complexes. Consistent with this, the cryoEM structure of MiDAC reveals a unique and distinctive mode of assembly. Four copies of HDAC1 are positioned at the periphery with outward-facing active sites suggesting that the complex may target multiple nucleosomes implying a processive deacetylase function.
リンクNat Commun / PubMed:32591534 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 4.5 Å
構造データ

11041

6z2j

EMDB-11041, PDB-6z2j:
The structure of the dimeric HDAC1/MIDEAS/DNTTIP1 MiDAC deacetylase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

11042

6z2k

EMDB-11042, PDB-6z2k:
The structure of the tetrameric HDAC1/MIDEAS/DNTTIP1 MiDAC deacetylase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードGENE REGULATION / HDAC1 MIDEAS ELMSAN1 DNTTIP1 TDIF1 histone deacetylase MiDAC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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