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Structure paper

タイトルStructural Effects and Functional Implications of Phalloidin and Jasplakinolide Binding to Actin Filaments.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 4, Page 437-449.e5, Year 2020
掲載日2020年4月7日
著者Sabrina Pospich / Felipe Merino / Stefan Raunser /
PubMed 要旨Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this ...Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this transition and can thus target different regions of the actin filament. Here, we show in atomic detail that phalloidin, a mushroom toxin that is routinely used to stabilize and label actin filaments, suspends the structural changes in actin, likely influencing its interaction with actin-binding proteins. Furthermore, high-resolution cryoelectron microscopy structures reveal structural rearrangements in F-actin upon inorganic phosphate release in phalloidin-stabilized filaments. We find that the effect of the sponge toxin jasplakinolide differs from the one of phalloidin, despite their overlapping binding site and similar interactions with the actin filament. Analysis of structural conformations of F-actin suggests that stabilizing agents trap states within the natural conformational space of actin.
リンクStructure / PubMed:32084355
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.7 Å
構造データ

10363

6t1y

EMDB-10363, PDB-6t1y:
Cryo-EM structure of phalloidin-stabilized F-actin (copolymerized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

10364

6t20

EMDB-10364, PDB-6t20:
Cryo-EM structure of phalloidin-stabilized F-actin (aged)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

10365

6t23

EMDB-10365, PDB-6t23:
Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin (aged)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

10366

6t24

EMDB-10366, PDB-6t24:
Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin (aged)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

10367

6t25

EMDB-10367, PDB-6t25:
Cryo-EM structure of phalloidin-Alexa Flour-546-stabilized F-actin (copolymerized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-9ZK:
(4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • synthetic construct (人工物)
  • Rabbit (ウサギ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeleton / phalloidin / stabilized-actin filament / jasplakinolide / stabilized actin filament

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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