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タイトルStructural mechanism of the active bicarbonate transporter from cyanobacteria.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 5, Issue 11, Page 1184-1193, Year 2019
掲載日2019年11月11日
著者Chengcheng Wang / Bo Sun / Xue Zhang / Xiaowei Huang / Minhua Zhang / Hui Guo / Xin Chen / Fang Huang / Taiyu Chen / Hualing Mi / Fang Yu / Lu-Ning Liu / Peng Zhang /
PubMed 要旨Bicarbonate transporters play essential roles in pH homeostasis in mammals and photosynthesis in aquatic photoautotrophs. A number of bicarbonate transporters have been characterized, among which is ...Bicarbonate transporters play essential roles in pH homeostasis in mammals and photosynthesis in aquatic photoautotrophs. A number of bicarbonate transporters have been characterized, among which is BicA-a low-affinity, high-flux SLC26-family bicarbonate transporter involved in cyanobacterial CO-concentrating mechanisms (CCMs) that accumulate CO and improve photosynthetic carbon fixation. Here, we report the three-dimensional structure of BicA from Synechocystis sp. PCC6803. Crystal structures of the transmembrane domain (BicA) and the cytoplasmic STAS domain (BicA) of BicA were solved. BicA was captured in an inward-facing HCO-bound conformation and adopts a '7+7' fold monomer. HCO binds to a cytoplasm-facing hydrophilic pocket within the membrane. BicA is assembled as a compact homodimer structure and is required for the dimerization of BicA. The dimeric structure of BicA was further analysed using cryo-electron microscopy and physiological analysis of the full-length BicA, and may represent the physiological unit of SLC26-family transporters. Comparing the BicA structure with the outward-facing transmembrane domain structures of other bicarbonate transporters suggests an elevator transport mechanism that is applicable to the SLC26/4 family of sodium-dependent bicarbonate transporters. This study advances our knowledge of the structures and functions of cyanobacterial bicarbonate transporters, and will inform strategies for bioengineering functional BicA in heterologous organisms to increase assimilation of CO.
リンクNat Plants / PubMed:31712753
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.197 - 11.9 Å
構造データ

EMDB-9897:
Bicarbonate transporter BicA dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.9 Å

PDB-6ki1:
The transmembrane domain of a cyanobacterium bicarbonate transporter BicA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.809 Å

PDB-6ki2:
The STAS domain of cyanobacteria bicarbonate transporter BicA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.197 Å

化合物

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bicarbonate transporter / CO2-concentrating mechanisms (CCM) / cyanobacteria / solute carrier (SLC) / STAS domain

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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