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Structure paper

タイトルStructural basis for the inhibition of translation through eIF2α phosphorylation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 2640, Year 2019
掲載日2019年6月14日
著者Yuliya Gordiyenko / José Luis Llácer / V Ramakrishnan /
PubMed 要旨One of the responses to stress by eukaryotic cells is the down-regulation of protein synthesis by phosphorylation of translation initiation factor eIF2. Phosphorylation results in low availability of ...One of the responses to stress by eukaryotic cells is the down-regulation of protein synthesis by phosphorylation of translation initiation factor eIF2. Phosphorylation results in low availability of the eIF2 ternary complex (eIF2-GTP-tRNAi) by affecting the interaction of eIF2 with its GTP-GDP exchange factor eIF2B. We have determined the cryo-EM structure of yeast eIF2B in complex with phosphorylated eIF2 at an overall resolution of 4.2 Å. Two eIF2 molecules bind opposite sides of an eIF2B hetero-decamer through eIF2α-D1, which contains the phosphorylated Ser51. eIF2α-D1 is mainly inserted between the N-terminal helix bundle domains of δ and α subunits of eIF2B. Phosphorylation of Ser51 enhances binding to eIF2B through direct interactions of phosphate groups with residues in eIF2Bα and indirectly by inducing contacts of eIF2α helix 58-63 with eIF2Bδ leading to a competition with Met-tRNA.
リンクNat Commun / PubMed:31201334 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.15 - 10.4 Å
構造データ

4543

6qg0

EMDB-4543: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map 1)
PDB-6qg0: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.15 Å

4544

6qg1

EMDB-4544: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map 2)
PDB-6qg1: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

4545

6qg2

EMDB-4545: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map A)
PDB-6qg2: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.55 Å

4546

6qg3

EMDB-4546: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map B)
PDB-6qg3: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

4547

6qg5

EMDB-4547: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map C)
PDB-6qg5: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.1 Å

4548

6qg6

EMDB-4548: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map D)
PDB-6qg6: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model D)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.4 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSLATION / integrated stress response / ISR / initiation factors / phosphorylation / eIF2 / eIF2B / tRNAi / GEF / heat domain / eIF2 alpha

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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