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タイトルRational design of a triple-type human papillomavirus vaccine by compromising viral-type specificity.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 5360, Year 2018
掲載日2018年12月18日
著者Zhihai Li / Shuo Song / Maozhou He / Daning Wang / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Yunbing Li / Xin Chi / Shuangping Wei / Yurou Yang / Zhiping Wang / Jinjin Li / Huilian Qian / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human ...Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human papillomavirus (HPV), of which more than 18 are associated with cervical cancer. Here, based on the high structural similarity of L1 surface loops within a group of phylogenetically close HPV types, we design a triple-type chimera of HPV33/58/52 using loop swapping. The chimeric VLPs elicit neutralization titers comparable with a mix of the three wild-type VLPs both in mice and non-human primates. This engineered region of the chimeric protein recapitulates the conformational contours of the antigenic surfaces of the parental-type proteins, offering a basis for this high immunity. Our stratagem is equally successful in developing other triplet-type chimeras (HPV16/35/31, HPV56/66/53, HPV39/68/70, HPV18/45/59), paving the way for the development of an improved HPV prophylactic vaccine against all carcinogenic HPV strains. This technique may also be extrapolated to other microbes.
リンクNat Commun / PubMed:30560935 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.5 - 12.3 Å
構造データ

EMDB-9665:
The cryoEM map of HPV33 VLP in complex with the Fab fragment of antibody 4E5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.3 Å

EMDB-9666:
The cryoEM map of HPV58/33 chimeric VLP in complex with the Fab fragment of antibody 4E5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-9667:
The cryoEM map of HPV58/33/52 chimeric VLP in complex with the Fab fragment of antibody 4E5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

PDB-6igc:
Crystal structure of HPV58/33/52 chimeric L1 pentamer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-6igd:
Crystal structure of HPV58/33 chimeric L1 pentamer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-6ige:
Crystal structure of Human Papillomavirus type 33 pentamer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-6igf:
Crystal structure of Human Papillomavirus type 52 pentamer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.751 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)
  • human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)
  • human papillomavirus type 52 (パピローマウイルス)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / capsid protein / Human Papillomavirus type 52 capsid protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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