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タイトルType III-A CRISPR-Cas Csm Complexes: Assembly, Periodic RNA Cleavage, DNase Activity Regulation, and Autoimmunity.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 73, Issue 2, Page 264-277.e5, Year 2019
掲載日2019年1月17日
著者Ning Jia / Charlie Y Mo / Chongyuan Wang / Edward T Eng / Luciano A Marraffini / Dinshaw J Patel /
PubMed 要旨Type ΙΙΙ CRISPR-Cas systems provide robust immunity against foreign RNA and DNA by sequence-specific RNase and target RNA-activated sequence-nonspecific DNase and RNase activities. We report on ...Type ΙΙΙ CRISPR-Cas systems provide robust immunity against foreign RNA and DNA by sequence-specific RNase and target RNA-activated sequence-nonspecific DNase and RNase activities. We report on cryo-EM structures of Thermococcus onnurineus Csm binary, Csm-target RNA and Csm-target RNA ternary complexes in the 3.1 Å range. The topological features of the crRNA 5'-repeat tag explains the 5'-ruler mechanism for defining target cleavage sites, with accessibility of positions -2 to -5 within the 5'-repeat serving as sensors for avoidance of autoimmunity. The Csm3 thumb elements introduce periodic kinks in the crRNA-target RNA duplex, facilitating cleavage of the target RNA with 6-nt periodicity. Key Glu residues within a Csm1 loop segment of Csm adopt a proposed autoinhibitory conformation suggestive of DNase activity regulation. These structural findings, complemented by mutational studies of key intermolecular contacts, provide insights into Csm complex assembly, mechanisms underlying RNA targeting and site-specific periodic cleavage, regulation of DNase cleavage activity, and autoimmunity suppression.
リンクMol Cell / PubMed:30503773 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.91 - 3.6 Å
構造データ

9253

6mur

EMDB-9253, PDB-6mur:
Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

9254

6mus

EMDB-9254, PDB-6mus:
Cryo-EM structure of larger Csm-crRNA-target RNA ternary complex in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

9255

6mut

EMDB-9255, PDB-6mut:
Cryo-EM structure of ternary Csm-crRNA-target RNA with anti-tag sequence complex in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

9256

6muu

EMDB-9256, PDB-6muu:
Cryo-EM structure of Csm-crRNA binary complex in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

PDB-6mua:
Crystal structure of Csm1-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISPR-Csm interference complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.91 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • thermococcus onnurineus (古細菌)
  • thermococcus onnurineus (strain na1) (古細菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type III-A CRISPR-Cas system / Csm1-Csm4 subcomplex / RNA BINDING PROTEIN/RNA / cryo-EM structure / Csm-crRNA-target RNA ternary complex / Type III CRISPR-Cas systerm / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / larger Csm-crRNA-target RNA ternary complex / ternary Csm-crRNA-target RNA with anti-tag sequence complex / Type III CRISPR-Cas system / Csm-crRNA binary complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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