[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルHuman MICAL1: Activation by the small GTPase Rab8 and small-angle X-ray scattering studies on the oligomerization state of MICAL1 and its complex with Rab8.
ジャーナル・号・ページProtein Sci, Vol. 28, Issue 1, Page 150-166, Year 2019
掲載日2018年10月31日
著者Alessandro Esposito / Valeria Ventura / Maxim V Petoukhov / Amrita Rai / Dmitri I Svergun / Maria A Vanoni /
PubMed 要旨Human MICAL1 is a member of a recently discovered family of multidomain proteins that couple a FAD-containing monooxygenase-like domain to typical protein interaction domains. Growing evidence ...Human MICAL1 is a member of a recently discovered family of multidomain proteins that couple a FAD-containing monooxygenase-like domain to typical protein interaction domains. Growing evidence implicates the NADPH oxidase reaction catalyzed by the flavoprotein domain in generation of hydrogen peroxide as a second messenger in an increasing number of cell types and as a specific modulator of actin filaments stability. Several proteins of the Rab families of small GTPases are emerging as regulators of MICAL activity by binding to its C-terminal helical domain presumably shifting the equilibrium from the free - auto-inhibited - conformation to the active one. We here extend the characterization of the MICAL1-Rab8 interaction and show that indeed Rab8, in the active GTP-bound state, stabilizes the active MICAL1 conformation causing a specific four-fold increase of k of the NADPH oxidase reaction. Kinetic data and small-angle X-ray scattering (SAXS) measurements support the formation of a 1:1 complex between full-length MICAL1 and Rab8 with an apparent dissociation constant of approximately 8 μM. This finding supports the hypothesis that Rab8 is a physiological regulator of MICAL1 activity and shows how the protein region preceding the C-terminal Rab-binding domain may mask one of the Rab-binding sites detected with the isolated C-terminal fragment. SAXS-based modeling allowed us to propose the first model of the free full-length MICAL1, which is consistent with an auto-inhibited conformation in which the C-terminal region prevents catalysis by interfering with the conformational changes that are predicted to occur during the catalytic cycle.
リンクProtein Sci / PubMed:30242933 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDDR9:
NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer)
手法: SAXS/SANS

SASDDS9:
NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) (Truncated MOCHLIM construct)
手法: SAXS/SANS

SASDDT9:
NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) in complex with Ras-related protein Rab 8 (MICAL1-Rab8 complex)
手法: SAXS/SANS

SASDDU9:
NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) (Truncated MOCH construct)
手法: SAXS/SANS

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る