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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of human RAD51 recombinase filaments during catalysis of DNA-strand exchange.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 24, Issue 1, Page 40-46, Year 2017
掲載日2016年12月12日
著者Jingfei Xu / Lingyun Zhao / Yuanyuan Xu / Weixing Zhao / Patrick Sung / Hong-Wei Wang /
PubMed 要旨The central step in eukaryotic homologous recombination (HR) is ATP-dependent DNA-strand exchange mediated by the Rad51 recombinase. In this process, Rad51 assembles on single-stranded DNA (ssDNA) ...The central step in eukaryotic homologous recombination (HR) is ATP-dependent DNA-strand exchange mediated by the Rad51 recombinase. In this process, Rad51 assembles on single-stranded DNA (ssDNA) and generates a helical filament that is able to search for and invade homologous double-stranded DNA (dsDNA), thus leading to strand separation and formation of new base pairs between the initiating ssDNA and the complementary strand within the duplex. Here, we used cryo-EM to solve the structures of human RAD51 in complex with DNA molecules, in presynaptic and postsynaptic states, at near-atomic resolution. Our structures reveal both conserved and distinct structural features of the human RAD51-DNA complexes compared with their prokaryotic counterpart. Notably, we also captured the structure of an arrested synaptic complex. Our results provide new insight into the molecular mechanisms of the DNA homology search and strand-exchange processes.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:27941862 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度4.4 - 14.0 Å
構造データ

9566

5h1b

EMDB-9566, PDB-5h1b:
Human RAD51 presynaptic complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

9567

5h1c

EMDB-9567, PDB-5h1c:
Human RAD51 post-synaptic complexes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-9568:
human RAD51 presynaptic complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 14.0 Å

化合物

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • human (ヒト)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / ATPase / homologous recombination / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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