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タイトルEngineering a trifunctional proline utilization A chimaera by fusing a DNA-binding domain to a bifunctional PutA.
ジャーナル・号・ページBiosci Rep, Vol. 36, Issue 6, Year 2016
掲載日2016年11月22日
著者Benjamin W Arentson / Erin L Hayes / Weidong Zhu / Harkewal Singh / John J Tanner / Donald F Becker /
PubMed 要旨Proline utilization A (PutA) is a bifunctional flavoenzyme with proline dehydrogenase (PRODH) and Δ-pyrroline-5-carboxylate (P5C) dehydrogenase (P5CDH) domains that catalyses the two-step oxidation ...Proline utilization A (PutA) is a bifunctional flavoenzyme with proline dehydrogenase (PRODH) and Δ-pyrroline-5-carboxylate (P5C) dehydrogenase (P5CDH) domains that catalyses the two-step oxidation of proline to glutamate. Trifunctional PutAs also have an N-terminal ribbon-helix-helix (RHH) DNA-binding domain and moonlight as autogenous transcriptional repressors of the put regulon. A unique property of trifunctional PutA is the ability to switch functions from DNA-bound repressor to membrane-associated enzyme in response to cellular nutritional needs and proline availability. In the present study, we attempt to construct a trifunctional PutA by fusing the RHH domain of Escherichia coli PutA (EcRHH) to the bifunctional Rhodobacter capsulatus PutA (RcPutA) in order to explore the modular design of functional switching in trifunctional PutAs. The EcRHH-RcPutA chimaera retains the catalytic properties of RcPutA while acquiring the oligomeric state, quaternary structure and DNA-binding properties of EcPutA. Furthermore, the EcRHH-RcPutA chimaera exhibits proline-induced lipid association, which is a fundamental characteristic of functional switching. Unexpectedly, RcPutA lipid binding is also activated by proline, which shows for the first time that bifunctional PutAs exhibit a limited form of functional switching. Altogether, these results suggest that the C-terminal domain (CTD), which is conserved by trifunctional PutAs and certain bifunctional PutAs, is essential for functional switching in trifunctional PutAs.
リンクBiosci Rep / PubMed:27742866 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDB27: Chimeric EcRHH-RcPutA: The E.coli Proline utilization A RHH domain fused to R.capsulatus PutA
手法: SAXS/SANS

由来
  • Escherchia coli, rhodobacter capsulatus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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