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タイトルA native-like SOSIP.664 trimer based on an HIV-1 subtype B env gene.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 89, Issue 6, Page 3380-3395, Year 2015
掲載日2015年1月14日
著者Pavel Pugach / Gabriel Ozorowski / Albert Cupo / Rajesh Ringe / Anila Yasmeen / Natalia de Val / Ronald Derking / Helen J Kim / Jacob Korzun / Michael Golabek / Kevin de Los Reyes / Thomas J Ketas / Jean-Philippe Julien / Dennis R Burton / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / P J Klasse / Andrew B Ward / John P Moore /
PubMed 要旨Recombinant trimeric mimics of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike should expose as many epitopes as possible for broadly neutralizing antibodies (bNAbs) ...Recombinant trimeric mimics of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike should expose as many epitopes as possible for broadly neutralizing antibodies (bNAbs) but few, if any, for nonneutralizing antibodies (non-NAbs). Soluble, cleaved SOSIP.664 gp140 trimers based on the subtype A strain BG505 approach this ideal and are therefore plausible vaccine candidates. Here, we report on the production and in vitro properties of a new SOSIP.664 trimer derived from a subtype B env gene, B41, including how to make this protein in low-serum media without proteolytic damage (clipping) to the V3 region. We also show that nonclipped trimers can be purified successfully via a positive-selection affinity column using the bNAb PGT145, which recognizes a quaternary structure-dependent epitope at the trimer apex. Negative-stain electron microscopy imaging shows that the purified, nonclipped, native-like B41 SOSIP.664 trimers contain two subpopulations, which we propose represent an equilibrium between the fully closed and a more open conformation. The latter is different from the fully open, CD4 receptor-bound conformation and may represent an intermediate state of the trimer. This new subtype B trimer adds to the repertoire of native-like Env proteins that are suitable for immunogenicity and structural studies.
IMPORTANCE: The cleaved, trimeric envelope protein complex is the only neutralizing antibody target on the HIV-1 surface. Many vaccine strategies are based on inducing neutralizing antibodies. For HIV-1, one approach involves using recombinant, soluble protein mimics of the native trimer. At present, the only reliable way to make native-like, soluble trimers in practical amounts is via the introduction of specific sequence changes that confer stability on the cleaved form of Env. The resulting proteins are known as SOSIP.664 gp140 trimers, and the current paradigm is based on the BG505 subtype A env gene. Here, we describe the production and characterization of a SOSIP.664 protein derived from a subtype B gene (B41), together with a simple, one-step method to purify native-like trimers by affinity chromatography with a trimer-specific bNAb, PGT145. The resulting trimers will be useful for structural and immunogenicity experiments aimed at devising ways to make an effective HIV-1 vaccine.
リンクJ Virol / PubMed:25589637 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度17.0 Å
構造データ

EMDB-6256:
A native-like SOSIP.664 trimer based on a HIV-1 subtype B env gene
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

由来
  • Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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