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タイトルStructures of SMG1-UPFs complexes: SMG1 contributes to regulate UPF2-dependent activation of UPF1 in NMD.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 22, Issue 8, Page 1105-1119, Year 2014
掲載日2014年8月5日
著者Roberto Melero / Akiko Uchiyama / Raquel Castaño / Naoyuki Kataoka / Hitomi Kurosawa / Shigeo Ohno / Akio Yamashita / Oscar Llorca /
PubMed 要旨SMG1, a PI3K-related kinase, plays a critical role in nonsense-mediated mRNA decay (NMD) in mammals. SMG1-mediated phosphorylation of the UPF1 helicase is an essential step during NMD initiation. ...SMG1, a PI3K-related kinase, plays a critical role in nonsense-mediated mRNA decay (NMD) in mammals. SMG1-mediated phosphorylation of the UPF1 helicase is an essential step during NMD initiation. Both SMG1 and UPF1 are presumably activated by UPF2, but this regulation is incompletely understood. Here we reveal that SMG1C (a complex containing SMG1, SMG8, and SMG9) contributes to regulate NMD by recruiting UPF1 and UPF2 to distinct sites in the vicinity of the kinase domain. UPF2 binds SMG1 in an UPF1-independent manner in vivo, and the SMG1C-UPF2 structure shows UPF2 recognizes the FRB domain, a region that regulates the related mTOR kinase. The molecular architectures of several SMG1C-UPFs complexes, obtained by combining electron microscopy with in vivo and in vitro interaction analyses, competition experiments, and mutations, suggest that UPF2 can be transferred to UPF1 within SMG1C, inducing UPF2-dependent conformational changes required to activate UPF1 within an SMG1C-UPF1-UPF2 complex.
リンクStructure / PubMed:25002321
手法EM (単粒子)
解像度19.4 - 21.9 Å
構造データ

EMDB-2662:
Structure of SMG1 kinase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.9 Å

EMDB-2663:
Structure of SMG1C complex, comprising SMG1 kinase, SMG8 and SMG9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.8 Å

EMDB-2664:
Structure of SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.9 Å

EMDB-2665:
Structure of SMG1C-UPF2 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.7 Å

EMDB-2666:
Structure of SMG1C-UPF1-UPF2 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9, UPF1 and UPF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.4 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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