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タイトルHuman full-length coagulation factor X and a GLA domain-derived 40-mer polypeptide bind to different regions of the adenovirus serotype 5 hexon capsomer.
ジャーナル・号・ページHum Gene Ther, Vol. 25, Issue 4, Page 339-349, Year 2014
掲載日2014年3月25日
著者Sudir Sumarheni / Saw See Hong / Véronique Josserand / Jean-Luc Coll / Pierre Boulanger / Guy Schoehn / Pascal Fender /
PubMed 要旨The interaction of human adenovirus (HAdV)-C5 and many other adenoviruses with blood coagulation factors (e.g., human factor X, FX) involves the binding of their GLA domain to the hexon capsomers, ...The interaction of human adenovirus (HAdV)-C5 and many other adenoviruses with blood coagulation factors (e.g., human factor X, FX) involves the binding of their GLA domain to the hexon capsomers, resulting in high levels of hepatotropism and potential hepatotoxicity. In this study, we tested the possibility of preventing these undesirable effects by using a GLA-mimicking peptide as a competitor. An FX GLA domain-derived, 40-mer polypeptide carrying 12 carboxyglutamate residues was synthesized (GLA(mim)). Surface plasmon resistance (SPR) analysis showed that GLA(mim) reacted with free and capsid-embedded hexon with a nanomolar affinity. Unexpectedly, GLA(mim) failed to compete with FX for hexon binding, and instead significantly increased the formation of FX-hexon or FX-adenovirion complexes. This observation was confirmed by in vitro cell transduction experiments using HAdV-C5-Luciferase vector (HAdV5-Luc), as preincubation of HAdV5-Luc with GLA(mim) before FX addition resulted in a higher transgene expression compared with FX alone. HAdV-C5 virions complexed with GLA(mim) were analyzed by cryoelectron microscopy. Image reconstruction demonstrated the bona fide hexon-GLA(mim) interaction, as for the full-length FX, although with considerable differences in stoichiometry and relative location on the hexon capsomer. Three extra densities were found at the periphery of each hexon, whereas one single FX molecule occupied the central cavity of the hexon trimeric capsomer. A refined analysis indicated that each extra density is found at the expected location of one highly variable loop 1 of the hexon, involved in scavenger receptor recognition. HAdV5-Luc complexed with a bifunctional GLA(mim)RGD peptide showed a lesser hepatotropism, compared with control HAdV5-Luc alone, and efficiently targeted αβ-integrin-overexpressing tumor cells in an in vivo mouse tumor model. Collectively, our findings open new perspectives in the design of adenoviral vectors for biotherapy.
リンクHum Gene Ther / PubMed:24512117 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.0 Å
構造データ

EMDB-2568:
Human full-length coagulation factor X and its isolated GLA domain bind to different regions of the adenovirus serotype 5 hexon capsomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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