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タイトルThe backbone model of the Arabis mosaic virus reveals new insights into functional domains of Nepovirus capsid.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 182, Issue 1, Page 1-9, Year 2013
掲載日2013年1月30日
著者Joséphine Lai-Kee-Him / Pascale Schellenberger / Christian Dumas / Eric Richard / Stefano Trapani / Véronique Komar / Gerard Demangeat / Christophe Ritzenthaler / Patrick Bron /
PubMed 要旨Arabis mosaic virus (ArMV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV) are two picorna-like viruses from the genus Nepovirus, consisting in a bipartite RNA genome encapsidated into a 30 nm icosahedral viral ...Arabis mosaic virus (ArMV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV) are two picorna-like viruses from the genus Nepovirus, consisting in a bipartite RNA genome encapsidated into a 30 nm icosahedral viral particle formed by 60 copies of a single capsid protein (CP). They are responsible for a severe degeneration of grapevines that occurs in most vineyards worldwide. Although sharing a high level of sequence identity between their CP, ArMV is transmitted exclusively by the ectoparasitic nematode Xiphinema diversicaudatum whereas GFLV is specifically transmitted by the nematode X. index. The structural determinants involved in the transmission specificity of both viruses map solely to their respective CP. Recently, reverse genetic and crystallographic studies on GFLV revealed that a positively charged pocket in the CP B domain located at the virus surface may be responsible for vector specificity. To go further into delineating the coat protein determinants involved in transmission specificity, we determined the 6.5 Å resolution cryo-electron microscopy structure of ArMV and used homology modeling and flexible fitting approaches to build its pseudo-atomic structure. This study allowed us to resolve ArMV CP architecture and delineate connections between ArMV capsid shell and its RNA. Comparison of ArMV and GFLV CPs reveals structural differences in the B domain pocket, thus strengthening the hypothesis of a key role of this region in the viral transmission specificity and identifies new potential functional domains of Nepovirus capsid.
リンクJ Struct Biol / PubMed:23376736
手法EM (単粒子)
解像度6.5 Å
構造データ

EMDB-2242:
The Cryo-EM structure of Arabis mosaic virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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