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タイトルStructural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 482, Issue 7386, Page 501-506, Year 2012
掲載日2012年2月22日
著者Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann /
PubMed 要旨Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation ...Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation factor G, and several structures of bacterial recycling complexes have been determined. In the eukaryotic and archaeal kingdoms, however, recycling involves the ABC-type ATPase ABCE1 and little is known about its structural basis. Here we present cryo-electron microscopy reconstructions of eukaryotic and archaeal ribosome recycling complexes containing ABCE1 and the termination factor paralogue Pelota. These structures reveal the overall binding mode of ABCE1 to be similar to canonical translation factors. Moreover, the iron-sulphur cluster domain of ABCE1 interacts with and stabilizes Pelota in a conformation that reaches towards the peptidyl transferase centre, thus explaining how ABCE1 may stimulate peptide-release activity of canonical termination factors. Using the mechanochemical properties of ABCE1, a conserved mechanism in archaea and eukaryotes is suggested that couples translation termination to recycling, and eventually to re-initiation.
リンクNature / PubMed:22358840 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.6 - 7.2 Å
構造データ

EMDB-2008:
3D reconstruction of a translating yeast 80S ribosome in complex with Dom34p and Rli1p
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

2009

3j15

EMDB-2009: 3D reconstruction of an archaeal 70S ribosome in complex with aPelota and aABCE1
PDB-3j15: Model of ribosome-bound archaeal Pelota and ABCE1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

2010

3j16

EMDB-2010: 3D reconstruction of a translating yeast 80S ribosome in complex with Dom34p and Rli1p
PDB-3j16: Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • pyrococcus furiosus (古細菌)
  • thermococcus kodakarensis (古細菌)
キーワードTRANSLATION/TRANSPORT PROTEIN / ribosome recycling / ribosome / archaea / TRANSLATION-TRANSPORT PROTEIN complex / translation / eukarya

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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