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Structure paper

タイトルKeap1 is a forked-stem dimer structure with two large spheres enclosing the intervening, double glycine repeat, and C-terminal domains.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 107, Issue 7, Page 2842-2847, Year 2010
掲載日2010年2月16日
著者Toshihiko Ogura / Kit I Tong / Kazuhiro Mio / Yuusuke Maruyama / Hirofumi Kurokawa / Chikara Sato / Masayuki Yamamoto /
PubMed 要旨Keap1 is a substrate adaptor of a Cullin 3-based E3 ubiquitin ligase complex that recognizes Nrf2, and also acts as a cellular sensor for xenobiotics and oxidative stresses. Nrf2 is a transcriptional ...Keap1 is a substrate adaptor of a Cullin 3-based E3 ubiquitin ligase complex that recognizes Nrf2, and also acts as a cellular sensor for xenobiotics and oxidative stresses. Nrf2 is a transcriptional factor regulating the expression of cytoprotective enzyme genes in response to such stresses. Under unstressed conditions Keap1 binds Nrf2 and results in rapid degradation of Nrf2 through the proteasome pathway. In contrast, upon exposure to oxidative and electrophilic stress, reactive cysteine residues in intervening region (IVR) and Broad complex, Tramtrack, and Bric-à-Brac domains of Keap1 are modified by electrophiles. This modification prevents Nrf2 from rapid degradation and induces Nrf2 activity by repression of Keap1. Here we report the structure of mouse Keap1 homodimer by single particle electron microscopy. Three-dimensional reconstruction at 24-A resolution revealed two large spheres attached by short linker arms to the sides of a small forked-stem structure, resembling a cherry-bob. Each sphere has a tunnel corresponding to the central hole of the beta-propeller domain, as determined by x-ray crystallography. The IVR domain appears to surround the core of the beta-propeller domain. The unexpected proximity of IVR to the beta-propeller domain suggests that any distortions generated during modification of reactive cysteine residues in the IVR domain may send a derepression signal to the beta-propeller domain and thereby stabilize Nrf2. This study thus provides a structural basis for the two-site binding and hinge-latch model of stress sensing by the Nrf2-Keap1 system.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:20133743 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度24.0 Å
構造データ

EMDB-1675:
Keap1 homodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

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