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タイトルStructural basis for TIR domain-mediated innate immune signaling by Toll-like receptor adaptors TRIF and TRAM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 2, Page e2418988122, Year 2025
掲載日2025年1月14日
著者Mohammad K Manik / Mengqi Pan / Le Xiao / Weixi Gu / Hyoyoung Kim / Sabrina Pospich / Andrew Hedger / Parimala R Vajjhala / Morris Y L Lee / Xiaoqi Qian / Michael J Landsberg / Thomas Ve / Jeffrey D Nanson / Stefan Raunser / Katryn J Stacey / Hao Wu / Bostjan Kobe /
PubMed 要旨Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing ...Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing adaptor-inducing interferon-β) and TRAM (TRIF-related adaptor molecule) are essential for MyD88-independent TLR signaling. However, the structural basis of TRIF and TRAM TIR domain-based signaling remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of filaments formed by TRIF and TRAM TIR domains at resolutions of 3.3 Å and 5.6 Å, respectively. Both structures reveal two-stranded parallel helical arrangements. Functional studies underscore the importance of intrastrand interactions, mediated by the BB-loop, and interstrand interactions in TLR4-mediated signaling. We also report the crystal structure of the monomeric TRAM TIR domain bearing the BB loop mutation C117H, which reveals conformational differences consistent with its inactivity. Our findings suggest a unified signaling mechanism by the TIR domains of the four signaling TLR adaptors MyD88, MAL, TRIF, and TRAM and reveal potential therapeutic targets for immunity-related disorders.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:39786929
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度3 - 5.6 Å
構造データ

46946

9dk8

EMDB-46946, PDB-9dk8:
TRIF TIR Filament Cryo-EM Structure
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

46977

9dlg

EMDB-46977, PDB-9dlg:
CryoEM structure of the TIR domain from human TRAM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.6 Å

PDB-9dki:
Crystal structure of the TIR domain C117H mutant from human TRAM
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / TRIF / TICAM 1 / TIR domain / innate immune system / Toll-like receptor / TRAM / TIR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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